Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 336)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search
Název práce v češtině: Reprezentace chemických sloučenin a její využití v podobnostním vyhledávání
Název v anglickém jazyce: Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search
Klíčová slova: molekulární podobnost; ligand-based virtual screening; benchmarking; molekulární fingerprinty
Klíčová slova anglicky: molecular similarity; ligand-based virtual screening; benchmarking; molecular fingerprints
Akademický rok vypsání: 2013/2014
Typ práce: disertační práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Řešitel: Mgr. Petr Škoda, Ph.D. - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 26.09.2014
Datum zadání: 26.09.2014
Datum potvrzení stud. oddělením: 05.01.2015
Datum a čas obhajoby: 18.09.2019 10:30
Datum odevzdání elektronické podoby:24.06.2019
Datum odevzdání tištěné podoby:25.06.2019
Datum proběhlé obhajoby: 18.09.2019
Oponenti: prof. Jan Brezovský
  Mgr. Martin Modrák, Ph.D.
 
 
Zásady pro vypracování
Jednou ze základních disciplín chemické informatiky je podobnostní modelování chemických struktur. Časté využtí podobnostního modelování je přímým důsledkem faktu, že strukturní a chemicko-fyzikální podobnost molekul je odrazem podobnosti funkční. Tento tzv. podobnostní princip je základem různých in-silico přístupů používaných v ranných fázích výzkumu léčiv. Cílem je pomoci medicinálním chemikům s identifikací sloučenin vykazujících požadované funkční charakteristiky. Většina současných přístupů pro počítačové modelování chemických sloučenin využívá pouze jeden typ informace (struktura, fyzikální charakteristika, atd.). Cílem práce je návrh počítačových přístupů pro reprezentaci molekulárních struktur agregující rozdílné zdroje dat. Součástí práce by pak měla být také aplikace těchto metod pro podobnostní vyhledávání ve velkých sadách chemických struktur.
Seznam odborné literatury
[1] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007
[2] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook. Wiley, 2003
[3] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010
[4] Tudor I. Oprea. Chemoinformatics in Drug Discovery. John Wiley & Sons, 2006
[5] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology. World Scientific Publishing Company, 2009
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK