Reportérový expresní systém pro studium umlčování integrovaného proviru v transkribované oblasti genu

• Název práce v češtině: Reportérový expresní systém pro studium umlčování integrovaného proviru v transkribované oblasti genu
• Název v anglickém jazyce: Reporter expression system for study of silencing of provirus integrated inside transcriptionally active gene
• Klíčová slova: transkripční umlčování, integrace, retroviry, ASLV, HIV
• Klíčová slova anglicky: transcriptional silencing, integration, retroviruses, ASLV, HIV
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Jiří Hejnar, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 14.11.2013
• Datum zadání: 17.12.2013
• Datum odevzdání elektronické podoby: 13.08.2015
• Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2015
• Oponenti: RNDr. Hana Španielová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Předmětem diplomové práce bude klonální analýza míst integrace retrovirových vektorů. Buněčné klony obsahující jediný provirus budou charakterisovány co do exprese transdukovaného reportérového genu a z vybraných klonů budou molekulárně charakterisovány a sekvenovány úseky hostitelské DNA přilehlé k proviru. Místa retrovirové integrace budou identifikována a popsána z hlediska genomických a epigenomických parametrů, které pak budou korelovány s chováním integrovaného retroviru. Bude rovněž sledována exprese targetovaných genů před a po integraci vektoru. S využitím těchto analýz budou řešeny otázky transkripčního umlčování retrovirových vektorů, provirové latence HIV-1 a transaktivace hostitelských genů retrovirovou integrací. Během práce na diplomním projektu je třeba zvládnout techniky kultivace buněk in vitro, propagaci retrovirů, molekulární klonování, fluorescenční mikroskopii a průtokovou cytometrii, inversní a kvantitativní PCR, bisulfitovou modifikaci DNA, chromatinovou imunoprecipitaci, bioinformatické analýzy a práci s databázemi. Vedoucím diplomové práce bude Jiří Hejnar, bezprostřední supervisí je pověřen Filip Šenigl.