Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 341)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Návrh efektivní generické molekulární reprezentace
Název práce v češtině: Návrh efektivní generické molekulární reprezentace
Název v anglickém jazyce: Efficient molecular representation design
Klíčová slova: chemická informatika;molekulární reprezentace; podobnostní modelování
Klíčová slova anglicky: chemical informatics; molecular representation; similarity modeling
Akademický rok vypsání: 2013/2014
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 05.11.2013
Datum zadání: 06.11.2013
Datum potvrzení stud. oddělením: 18.11.2013
Datum a čas obhajoby: 26.05.2014 00:00
Datum odevzdání elektronické podoby:15.04.2014
Datum odevzdání tištěné podoby:11.04.2014
Datum proběhlé obhajoby: 26.05.2014
Oponenti: RNDr. František Mráz, CSc.
 
 
 
Zásady pro vypracování
V dnešní chemické informatice se hojně využívá reprezentace molekul založená na tzv. otisku molekuly (fingerprint). Tato reprezentace mapuje graf molekulární struktury na bitový řetězec. Typický přístup spočívá v identifikaci fragmentů určité velikosti a mapování takových fragmentů na pozice bitového řetězce. V tomto mapování se projevuje jak tvar fragmentu, tak typ atomů a hran. Při podobnostním vyhledávání v databázích molekul se pak podobnost molekulární převádí na podobnost bitových řetězců.
Mnoho aplikací chemické informatiky však pro modelování podobnosti vyžaduje uchování dalších vlastností, které umožňují lépe modelovat podobnost v dané doméně. Typicky jde o různé fyzikálně-chemické vlastnosti. Cílem práce je zobecnění některé z metod tak, aby bylo možno efektivně uchovávat nejenom fragmenty, typy atomů a vazeb, ale současně libovolný soubor vlastností, který se váže k jednotlivým atomům. Součástí práce bude návrh takovéto reprezentace, ukázka podobnostní míry a vyhodnocení této metody na reálných datový sadách.
Seznam odborné literatury
[1] Jones, N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[2] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009
[3] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010
[4] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK