Simulation of processes in cellular membranes

• Název práce v češtině: Simulace procesů v buněčných membránách
• Název v anglickém jazyce: Simulation of processes in cellular membranes
• Klíčová slova: molekulárně dynamické simulace, molekulární modelování, polarizabilita, biologické membrány, fosfolipidové dvojvrstvy, fosfatidylcholin, transmembránový potenciál, sodík, draslík, vápník
• Klíčová slova anglicky: molecular dynamics simulations, molecular modeling, polarizability, biological membranes, phospholipid bilayers, phosphatidylcholine, transmembrane potential, sodium, potassium, calcium
• Akademický rok vypsání: 2013/2014
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. (32-UOCHAV)
• Vedoucí / školitel: prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 27.09.2013
• Datum zadání: 27.09.2013
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2014
• Datum a čas obhajoby: 25.09.2018 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 09.07.2018
• Datum odevzdání tištěné podoby: 09.07.2018
• Datum proběhlé obhajoby: 25.09.2018
• Oponenti: prof. doc. RNDr. Michal Otyepka, Ph.D.
• Konzultanti: Samuli Ollila

Zásady pro vypracování

Bude upřesněno, podrobnější informace [e-mail]

Seznam odborné literatury

Bude upřesněno, podrobnější informace [e-mail]

Předběžná náplň práce

Disertační práce se soustředí na molekulové simulace s cílem popsat na molekulové úrovni klíčové procesy spojené s interakcí molekul (včetně fluorescenčních značek) s membránou a přenosem molekul přes buněčnou membránu. Práce se zvlášť soustředí na vliv oxidačního stresu, iontů a specifických membránových peptidů, které se uplatňují při různých nemocech.
Předpokládané znalosti rozsahu magisterského vzdělání v chemické fyzice, biofyzice, či fyzikální chemie. Dobrá znalost angličtiny.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The dissertation will focus on molecular simulations aiming to unravel at the molecular level key processes connected with interactions of molecules (including fluorescence markers) with membranes and translocation across cell membranes. Particular attention is paid to effects due to oxidative stress, ions, and specific membrane-associated peptides and proteins that are involved in numerous human diseases.