Dědičné příčiny trombembolické nemoci a jejich laboratorní diagnostika

• Název práce v češtině: Dědičné příčiny trombembolické nemoci a jejich laboratorní diagnostika
• Název v anglickém jazyce: Hereditary causes of thromboembolic disease and their laboratory diagnostics
• Akademický rok vypsání: 2012/2013
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemických věd (16-16160)
• Vedoucí / školitel: prof. PharmDr. Tomáš Šimůnek, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 06.12.2012
• Datum zadání: 06.12.2012
• Datum a čas obhajoby: 16.09.2014 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 29.08.2014
• Datum proběhlé obhajoby: 16.09.2014
• Oponenti: prof. PharmDr. Martin Beránek, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Externí konzultant (školitel-specialista): Ing. Pavel Horák, Ph.D., Institute of Applied Biotechnologies, a.s.
Úvod:Charakteristika trombembolické nemoci a její příčiny (základní rozdělení-dle dědičnosti, místa a mechanismu). Klinický obraz + klinicky významné vrozené rizikové faktory.
Cíl:Cílem práce je seznámení s klinicky významnými mutacemi, způsobujícími trombembolickou nemoc. Seznámení se základní laboratorní diagnostikou daných mutací se zaměřením na molekulárně biologické metody.
Metodika:Vyšetření (indikace vyšetření v rámci rodinné anamnézy, těhotenství,...). Základní vyšetřovací metody (KO, PT, APTT , ELISA) + molekulárně biologická diagnostika.
Stručný popis mol. biologických metod, které jsou již rutinně využívané a metod nově vyvíjených + základní popis preanalytické, analytické a postanalytické fáze diagniostiky. Práce bude zaměřena především na metodu Real-Time PCR, Micro-Array, Next generation Sequencing.
Zpracování materiálů, seznámení s pracovními postupy:
- zpracování rešerše pomocí dostupných materiálů (viz. seznam. literatury)
- seznámení se základními molekulárně biol. metodami v rámci pracoviště svého školitele, popř. externích pracovišť
- na základě provedené rešerše a získaných informací z jednotlivých metodik bude provedeno srovnání jednotlivých metod v rámci jejich využitelnosti.

Seznam odborné literatury

Next-generation sequencing in the clinic: promises and challenges.
Xuan J, Guo L, Shi L.
Cancer Lett. 2012 Nov 19. doi:pii: S0304-3835(12)00672-6. 10.1016/j.canlet.2012.11.025. [Epub ahead of print]
A direct comparison of next generation sequencing enrichment methods using an aortopathy gene ganel- clinicaldiagnosticsperspective.
Wooderchak-Donahue WL, O'Fallon BD, Furtado LV, Durtschi JD, Plant P, Ridge PG, Rope AF, Yetman AT, Bayrak-Toydemir P.
BMC Med Genomics. 2012 Nov 14;5(1):50. [Epub ahead of print]
Next-generation sequencing: ready for the clinics?
Desai AN, Jere A.
Clin Genet. 2012 Jun;81(6):503-10. doi: 10.1111/j.1399-0004.2012.01865.x. Epub 2012 Apr 9.
Next-generation genetic testing for retinitis pigmentosa.
Neveling K, Collin RW, Gilissen C, van Huet RA, Visser L, Kwint MP, Gijsen SJ, Zonneveld MN, Wieskamp N, de Ligt J, Siemiatkowska AM, Hoefsloot LH, Buckley MF, Kellner U, Branham KE, den Hollander AI, Hoischen A, Hoyng C, Klevering BJ, van den Born LI, Veltman JA, Cremers FP, Scheffer H.
Hum Mutat. 2012 Jun;33(6):963-72. doi: 10.1002/humu.22045. Epub 2012 Mar 19.
Next-generation sequencing and its applications in moleculardiagnostics.
Su Z, Ning B, Fang H, Hong H, Perkins R, Tong W, Shi L.
Expert Rev Mol Diagn. 2011 Apr;11(3):333-43. Review.
Next generation sequencing for clinicaldiagnostics-principles and application to targeted resequencing for hypertrophic cardiomyopathy: a paper from the 2009 William Beaumont Hospital Symposium on Molecular Pathology.
Voelkerding KV, Dames S, Durtschi JD.
J Mol Diagn. 2010 Sep;12(5):539-51. Review.
Comparison of the Illumina Genome Analyzer and Roche 454 GS FLX for resequencing of hypertrophic cardiomyopathy-associated genes.
Dames S, Durtschi J, Geiersbach K, Stephens J, Voelkerding KV.
J Biomol Tech. 2010 Jul;21(2):73-80.
The impact of prothrombin (G20210A) genemutationon stroke in youths.
Saadatnia M, Salehi M, Amini G, Seyyed Agha Miri N.
ARYA Atheroscler. 2012 Spring;8(1):9-11.
Homozygous factor V Leiden and double heterozygosity for factor V Leiden and prothrombinmutation.
Saemundsson Y, Sveinsdottir SV, Svantesson H, Svensson PJ.
J Thromb Thrombolysis. 2012 Oct 7. [Epub ahead of print]
Roleof Polymorphisms in Factor V (FV Leiden), Prothrombin, Plasminogen Activator Inhibitor Type-1 (PAI-1),MethylenetetrahydrofolateReductase(MTHFR) and Cystathionine β-Synthase (CBS) Genes as Risk Factors for Thrombophilias.
Miranda-Vilela AL.
Mini Rev Med Chem. 2012 Sep 1;12(10):997-1006.
Myocardial infarction in a newborn heterozygous for theMTHFRC677T mutation.
Clark AB, Stokes TA, Krous HF, Carbine DN.
Pediatr Dev Pathol. 2012 May-Jun;15(3):232-6. Epub 2012 Feb 17.
Cerebral sinovenousthrombosisassociated with factor V Leiden andmethylenetetrahydrofolatereductaseA1298C mutation in adult membranous glomerulonephritis.
Ozkurt S, Temiz G, Saylisoy S, Soydan M.
Ren Fail. 2011;33(5):524-7. Epub 2011 Apr 18.
Thrombus obstructing the right ventricle outflow tract in a neonate withmethylenetetrahydrofolatereductase677TT genotype.
Kovacikova L, Skrak P, Zahorec M.
Eur J Pediatr. 2011 Sep;170(9):1201-3. Epub 2011 Mar 8.
Rapid triplex asymmetric real-time PCR hybridization probe assay for the joint genotyping of F2, F5 andF12.
Martínez-Serra J, Gutierrez A, Amat JC, Galmés B, Vila A, Julia M, López H, Bautista AM, Truyols C, Ros T, Navarro M, Canaro M, Díaz M, Besalduch J.
Clin Biochem. 2009 Aug;42(12):1317-24. Epub 2009 May 5.
A case of hereditary angio-oedema type III presenting with C1-inhibitor cleavage and a missensemutationin theF12gene.
Bouillet L, Ponard D, Rousset H, Cichon S, Drouet C.
Br J Dermatol. 2007 May;156(5):1063-5. Epub 2007 Mar 23. No abstract available.
Missense mutations in the coagulation factor XII (Hageman factor) gene in hereditary angioedema with normal C1 inhibitor.
Dewald G, Bork K.
Biochem Biophys Res Commun. 2006 May 19;343(4):1286-9.
Rapid detection of the 46C --> T polymorphism in the factor XII gene, a novel genetic risk factor for thrombosis, by melting peak analysis using fluorescence hybridization probes.
Tirado I, Fontcuberta J, Soria JM.
Genet Test. 2003 Winter;7(4):295-301.
Thromb Res.2000 Jul 1;99(1):35-9.
Prothrombin G20210A, factor V Leiden, and factor XIII Val34Leu: common mutations of blood coagulation factors and deep vein thrombosis in Austria.
Renner W,Köppel H,Hoffmann C,Schallmoser K,Stanger O,Toplak H,Wascher TC,Pilger E.
Factor XIII-A subunitVal34Leupolymorphism in fatal hemorrhagic stroke.
Antalfi B, Pongrácz E, Csiki Z, Mezei ZA, Shemirani AH.
Int J Lab Hematol. 2012 Aug 22. doi: 10.1111/j.1751-553X.2012.01465.x. [Epub ahead of print]
The role of fibrinogen plasma levels, the -455G>A fibrinogen and the factor XIII A subunit (FXIII-A)Val34Leupolymorphism in cancer-associated venous thrombosis.
Tiedje V, Dunkler D, Ay C, Horvath B, Quehenberger P, Pabinger M, Zielinski C, Pabinger I, Mannhalter C.
Thromb Haemost. 2011 Nov;106(5):908-13. Epub 2011 Sep 8.
FXIII-A Leu34 genetic variant in premature coronary artery disease: a genotype--phenotype case control study.
Silvain J, Pena A, Vignalou JB, Hulot JS, Galier S, Cayla G, Bellemain-Appaix A, Barthélémy O, Beygui F, Bal-dit-Sollier C, Drouet L, Weisel JW, Montalescot G, Collet JP.
Thromb Haemost. 2011 Sep;106(3):511-20. Epub 2011 Jul 28.
TheVal34Leugenetic variation in the A subunit of coagulation factor XIII in recurrent spontaneous abortion.
Bagheri M, Rad IA, Omrani MD, Nanbaksh F.
Syst Biol Reprod Med. 2011 Oct;57(5):261-4. Epub 2011 May 9.
KVASNIČKA, J. Trombofilie a trombotické stavy v klinické praxi, Praha: Grada, 2003b, str. 57, ISBN 80-7169-993-4
A-Z of quantitative PCR. Edited by Stephen A. Bustin.La Jolla, CA: International University Line, 2004. xxix, 882. ISBN 0-9636817-8-8.