Molecular characteristics of mismatch repair pathway in ovarian cancer

• Název práce v češtině: Molekulární charakteristika mismatch reparační dráhy u ovariálního karcinomu
• Název v anglickém jazyce: Molecular characteristics of mismatch repair pathway in ovarian cancer
• Klíčová slova: mismatch opravy, ovariální karcinom, MLH1,MS-HRM
• Klíčová slova anglicky: mismatch repair, ovarian carcinoma, MLH1, MS-HRM
• Akademický rok vypsání: 2012/2013
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
• Vedoucí / školitel: MUDr. Pavel Vodička, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 20.11.2012
• Datum zadání: 27.11.2012
• Datum odevzdání elektronické podoby: 02.05.2016
• Datum odevzdání tištěné podoby: 02.05.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 09.06.2016
• Oponenti: RNDr. Michaela Schierová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Úvod:
Ovariální karcinom je čtvrtým nejčastějším nádorovým onemocněním žen s nejvyšší mortalitou mezi nádory reprodukčního traktu (Jemal A. 2007). Epiteliální ovariální karcinomy tvoří nejvýznamnější skupinu ovariálních karcinomů. Až 75-80% zhoubných ovariálních nádorů je přitom diagnostikováno v pozdních stadiích a efektivní screening ovariálního karcinomu zatím neexistuje.
DNA mismatch reparační dráha (MMR) má zásadní význam v korekci chyb vznikajících při DNA replikaci (chybné párování, inserční či deleční mutace). Alterace genů MMR (např. zárodečné mutace) representují alterace s vysokým rizikem u familiárních nádorů tlustého střeva a konečníku (HNPCC), vyznačujících se mikrosatelitovou instabilitou (MSI, Ahnen DJ. Am J Gastroenterol. 2011 Feb;106(2):190-8). MSI se nalézají v souvislosti s inaktivací MMR genů, a to v souvislosti s jejich mutacemi nebo aberantní metylací (epigenetická inaktivace; Pritchard CC, Grady WM. Gut. 2011 Jan;60(1):116-29). Hypermetylace v CpG ostrůvcích promoptorové oblasti hMLH1 genu byla skutečně popsána v souvislosti s rozvojem gastrointestinálních malignit s MSI fenotypem (Pritchard CC, Grady WM. Gut. 2011 Jan;60(1):116-29). Zhodnocení vlivu abnormálního epigenetického profilu MMR genů na jejich mRNA expresi může výrazně přispět k našemu porozumnění fenotypu ovariálních novotvarů. Ztráta MMR reparační kapacity hraje roli v iniciačních mechanismech ovariálního karcinomu. Nejnovější přehledná studie (Murphy MA, Wentzensen N. Int J Cancer 2011 Oct 15;129(8):1914-22.) uvádí, že MMR deficience se vyskytuje u všech histologických subtypů, její nejčastější výskyt je u endometroidních karcinomů. MSI-H fenotyp s MMR deficiencí lze pak nalézt u cca. 12% ovariálních malignit.
Zatímco u řady nádorových onemocnění (např. gastrointestinální nádory) bývá MMR deficience spojená s delším přežíváním a lepší prognózou, epidemiologické a klinické faktory, spjaté s MMR-deficientním fenotypem u ovariálního karcinomu, nebyly dosud uspokojivě probádány.
Plán experimentálních studií:
1) Stanovení metylace v CpG ostrůvcích promotorové oblasti MLH1 genu v ovariální nádorové a kontrolní tkáni; 2) Stanovení exprese MLH1 genu v ovariální nádorové a kontrolní tkáni;
3) Stanovení proteinové exprese MLH1 v ovariální nádorové a kontrolní tkáni.
Metodiky:
Metylace v promotorové oblasti MLH1 budou stanoveny metodou Methylation-sensitive high resolution melting (MS-HRM), v zásadě jak je popsáno dle (Slyskova J et al. Clin Cancer Res. 2012 Nov 1;18(21):5878-5887). mRNA expresní hladiny MLH1 genu (eventuálně dalších MMR genů budou stanoveny z RNA po následné konverzi na cDNA. Genové exprese budou stanovovány RT-qPCR, jak bylo popsáno v (Slyskova et al. Clin Cancer Res.2012 Nov 1;18(21):5878-5887; Slyskova et al. Mutagenesis.2012 Mar;27(2):225-32).
Cíle:
Objasnění vztahu mezi abnormálním epigenetickým profilem MMR genů, genovou eventuálně proteinovou expresí může zásadně přispět k našemu chápání fenotypu ovariálního karcinomu. Zdá se, že molekulární profily MMR deficientních a proficientních ovariálních nádorů jsou odlišné, ovlivněné různými rizikovými faktory a spojeně s různou prognózou onemocnění a různou odpovědí na následnou terapii.