Vizualizace sekundární struktury RNA molekul

• Název práce v češtině: Vizualizace sekundární struktury RNA molekul
• Název v anglickém jazyce: Visualisation of secondary structure of RNA molecules
• Klíčová slova: RNA,sekundární struktura, vizualizace
• Klíčová slova anglicky: RNA, secondary structure, visualization
• Akademický rok vypsání: 2011/2012
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 31.07.2012
• Datum zadání: 31.07.2012
• Datum potvrzení stud. oddělením: 02.08.2012
• Datum a čas obhajoby: 24.01.2013 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 07.12.2012
• Datum odevzdání tištěné podoby: 07.12.2012
• Datum proběhlé obhajoby: 24.01.2013
• Oponenti: RNDr. Josef Pelikán

Zásady pro vypracování

Cílem práce je implementace několika metod pro vizualizaci sekundární struktury RNA (včetně struktur s pseudo uzly). V rámci práce student implementuje nástroj, kde uživatel bude moci vizualizovat sekundární strukturu RNA pomocí implementovaných algoritmů. Nástroj bude obsahovat export výsledné vizualizace do některého z vektorových formátů. Součástí práce bude i porovnání implementovaných vizualizačních metod.

Seznam odborné literatury

[1] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[2] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009
[3] Walshaw, C.: A Multilevel Algorithm for Force-Directed Graph Drawing. Proceedings of the 8th International Symposium on Graph Drawing 2000, pp 171-182, ISBN:3-540-41554-8