Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 307)
Detail práce
  
Proteomická a bioinformatická charakterizace N-terminálních sekvencí proteinů modifikovaných po importu do hydrogenosomu Trichomonas vaginalis.
Název práce v češtině: Proteomická a bioinformatická charakterizace N-terminálních sekvencí proteinů modifikovaných po importu do hydrogenosomu Trichomonas vaginalis.
Název v anglickém jazyce: Proteomic and bioinformatic characterization of N-terminal sequences of proteins modified upon import to Trichomonas vaginalis hydrogenosome
Klíčová slova: hydrogenosomy, modifikace proteinů, hmotnostní spektrometrie, sekvenování N-terminálních peptidů
Klíčová slova anglicky: hydrogenosomes, protein modification, mass spectrometry, N-terminal sequencing
Akademický rok vypsání: 2011/2012
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra biochemie (31-250)
Vedoucí / školitel: RNDr. Petr Man, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
Datum přihlášení: 27.10.2011
Datum zadání: 22.11.2011
Datum odevzdání elektronické podoby:09.05.2014
Datum odevzdání tištěné podoby:07.05.2014
Datum proběhlé obhajoby: 26.05.2014
Oponenti: doc. RNDr. Miroslav Šulc, Ph.D.
 
 
 
Konzultanti: Mgr. Petr Jedelský
Předběžná náplň práce
Analýza bude prováděna s cílem identifikovat proteiny, jejichž hydrogenosomální lokalizace nebyla dosud prokázána, a dále s cílem detailněji charakterizovat substrátovou specifitu mitochondriální procesující peptidasy a tím umožnit vytvoření bioinformatických predikčních nástrojů. Analýzy budou probíhat na modelu hydrogenosomu Trichomonas vaginalis, což je organela energetického metabolismu odvozená od mitochondrie, která nemá vlastní DNA. Uvažovaná cesta řešení vychází ze subcelulární frakcionace, izolace proteinů mitochondriální frakce, plošné acetylace dostupných aminoskupin a následného štěpění specifickou endoproteasou a analýzou pomocí hmotnostní spektrometrie MALDI. Jako pomocné kroky bude využita deplece interních peptidů pomocí modifikace biotinylačním činidlem a následné zachycení na streptavidin, dále kapalinová chromatografii na reverzní fázi jako součást přístupu LC-MALDI.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
The analysis will be performed in order to identify proteins whose localization in the hydrogenosomes was not confirmed yet, as well as characterization of the substrate specificity of mitochondrial processing peptidase in order to develop bioinformatical prediction algorithms. Analyses will be performed on Trichomonas vaginalis hydrogenosome, which as an organelle of energetic metabolism lacking intrinsic DNA. The procedure will start with subcellular fractionation, isolation of proteins from the mitochondrial fraction, acetylation of all primary amino groups followed by protein digest with a specific endoprotease and analysis using tandem mass spectrometry. Supporting protocol steps include depletion of internal peptides from the complex peptide mixture using biotin-streptavidin affinity capture and reverse-phase liquid chromatography in the LC-MS approach.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK