Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 308)
Detail práce
  
Vícenásobná podobnost RNA struktur
Název práce v češtině: Vícenásobná podobnost RNA struktur
Název v anglickém jazyce: Multiple RNA Structure Similarity
Klíčová slova: RNA, struktura, podobnost
Klíčová slova anglicky: RNA, structure, similarity
Akademický rok vypsání: 2011/2012
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
Vedoucí / školitel: RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 20.10.2011
Datum zadání: 20.10.2011
Datum potvrzení stud. oddělením: 01.12.2011
Datum a čas obhajoby: 27.05.2013 09:30
Datum odevzdání elektronické podoby:12.04.2013
Datum odevzdání tištěné podoby:12.04.2013
Datum proběhlé obhajoby: 27.05.2013
Oponenti: Ing. Jiří Novák, Ph.D.
 
 
 
Zásady pro vypracování
Práce bude vycházet z metody popsané v článku "SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm". Algoritmus SETTER je určen k porovnání 3D struktur RNA, které lze chápat jako uspořádanou množinu 3D souřadnic, kde každá souřadnice odpovídá jednomu nukleotidu. Mezi nukleotidy navíc existuje párování podobně, jako je tomu u DNA. Princip SETTERu spočívá v rozdělení množiny nukleotidů v porovnávaných strukturách na specifické podmnožiny a dvojicím těchto podmnožin pak přiřazovat podobnosti. SETTER v původní verzi umí porovnávat pouze dvojice RNA, nicméně mnoho reálných aplikací vyžaduje přiřazení podobnosti n-tici RNA struktur. Takovéto rozšíření je náplní diplomové práce.
Seznam odborné literatury
[1] D. Hoksza, D.Svozil. SETTER - RNA SEcondary sTructure-based TERtiary Structure Similarity Algorithm. ISBRA 2011, Central South University, China, ISBN 978-3-642-21259-8, pp. 37-49, LNBI 6674, Springer.
[2] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[3] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK