Identifikace membránově lokalizovaných nativních peptidů intracelulární bakterie Francisella tularensis

• Název práce v češtině: Identifikace membránově lokalizovaných nativních peptidů intracelulární ; bakterie Francisella tularensis
• Název v anglickém jazyce: Identification of membrane localized native peptides of intracellular ; bacteria Francisella tularensis
• Akademický rok vypsání: 2010/2011
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biologických a lékařských věd (16-16150)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Klára Konečná, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 28.01.2011
• Datum zadání: 21.03.2011
• Datum a čas obhajoby: 13.09.2011 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 15.08.2011
• Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2011
• Oponenti: doc. PharmDr. Ivona Pávková, Ph.D.
• Konzultanti: prof. Ing. Lenka Hernychová, Ph.D.

Zásady pro vypracování

A/ Praktická část:
Zavedení metody měření koncentrace peptidů ve vzorcích Příprava bakteriálních vzorků Francisella tularensis. Příprava peptidových frakcí z membrán intaktních bakterií specifickým štěpením vybranými proteázamiSeparace peptidových frakcí vysokoúčinnou kapalinovou chromatografii nebo elektroseparačními metodamiIdentifikace peptidů F. tularensis hmotnostně spektrometrickými metodami
B/ Teoretická část:
Literární rešerše genomu a proteomu bakterie Francisella tularensis se zaměřením na bakteriální membránově lokalizované proteiny, jejich funkce a vztah k hostitelským buňkám (host-patogen interakce).Nastudovat principy separačních metod a hmotnostní spektrometrie.Sepsat diplomovou práci na dané téma.

Seznam odborné literatury

Ellis I., P. C. F. Oyston M. Green and R. W. Titball. 2002. Tularemia. Clin. Microbiol. Rev., 15: 631-646.
Pavkova I., Reichelova M., Larsson P., Hubalek M., Vackova J., Forsberg A., and Stulik J. 2006. Comparative proteome analysis of fractions enriched for membrane-associated proteins from Francisella tularensis subsp. tularensis and F. tularensis subsp. holarctica strains. J Prot Res., 5: 3125-3134.
Larsson P., Oyston P.C., Chain P. et al. 2005. The complete genome sequence of Francisella tularensis, the causative agent of tularemia. Nat. Genet. 37, 153–159.
Chamberlain, R.E. 1965. Evaluation of live tularemia vaccine prepared in a chemically defined medium, Appl. Microbiol. 13: 232-235.
Macela A. a kol. 2006. Infekční choroby a intracelulární parazitismus bakterií. Grada, ISBN 80-247-0664-4.
Alberts B., Bray D., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. 1998. Základy buněčné biologie. Úvod do molekulární biologie buňky. Espero Publishing Ústí nad Labem. ISBN 80-902906-0-4.
Kolektiv autorů 2008. Vybrané kapitoly z molekulární patologie. Skripta pro studenty DSP Molekulární patologie. Univerzita obrany, Fakulta voj. zdravotnictví. ISBN 978-80-7231-329-7.
Su J, Yang J, Zhao D, Kawula TH, Banas JA, Zhang JR. 2007. Genome-wide identification of Francisella tularensis virulence determinants. Infect Immun.75:3089-101.
Rodríguez-Ortega MJ, Norais N, Bensi G, Liberatori S, Capo S, Mora M, Scarselli M, Doro F, Ferrari G, Garaguso I, Maggi T, Neumann A, Covre A, Telford JL, Grandi G. 2006. Characterization and identification of vaccine candidate proteins through analysis of the group A Streptococcus surface proteome. Nat Biotechnol. 24:191-7.
Kapoor K.N., Barry D.T. Rees R.C. et al. 2009. Estimation of peptide concentration by a modified bicinchoninic acid assay. Anal. Biochem. 393:138-140.
Havlasová J, Hernychová L, Brychta M, Hubálek M, Lenco J, Larsson P, Lundqvist M, Forsman M, Krocová Z, Stulík J, Macela A. 2005. Proteomic analysis of anti-Francisella tularensis LVS antibody response in murine model of tularemia. Proteomics 5:2090-103.
Janovská S, Pávková I, Hubálek M, Lenco J, Macela A, Stulík J. 2007. Identification of immunoreactive antigens in membrane proteins enriched fraction from Francisella tularensis LVS. Immunol Lett. 108:151-9.