Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search
| Thesis title in Czech: | Reprezentace chemických sloučenin a její využití v podobnostním vyhledávání |
|---|---|
| Thesis title in English: | Representation of chemical compounds and its utilization in similarity search |
| Key words: | molekulární podobnost; ligand-based virtual screening; benchmarking; molekulární fingerprinty |
| English key words: | molecular similarity; ligand-based virtual screening; benchmarking; molecular fingerprints |
| Academic year of topic announcement: | 2013/2014 |
| Thesis type: | dissertation |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 26.09.2014 |
| Date of assignment: | 26.09.2014 |
| Confirmed by Study dept. on: | 05.01.2015 |
| Date and time of defence: | 18.09.2019 10:30 |
| Date of electronic submission: | 24.06.2019 |
| Date of submission of printed version: | 25.06.2019 |
| Date of proceeded defence: | 18.09.2019 |
| Opponents: | prof. Jan Brezovský |
| Mgr. Martin Modrák, Ph.D. | |
| Guidelines |
| Jednou ze základních disciplín chemické informatiky je podobnostní modelování chemických struktur. Časté využtí podobnostního modelování je přímým důsledkem faktu, že strukturní a chemicko-fyzikální podobnost molekul je odrazem podobnosti funkční. Tento tzv. podobnostní princip je základem různých in-silico přístupů používaných v ranných fázích výzkumu léčiv. Cílem je pomoci medicinálním chemikům s identifikací sloučenin vykazujících požadované funkční charakteristiky. Většina současných přístupů pro počítačové modelování chemických sloučenin využívá pouze jeden typ informace (struktura, fyzikální charakteristika, atd.). Cílem práce je návrh počítačových přístupů pro reprezentaci molekulárních struktur agregující rozdílné zdroje dat. Součástí práce by pak měla být také aplikace těchto metod pro podobnostní vyhledávání ve velkých sadách chemických struktur. |
| References |
| [1] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007
[2] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook. Wiley, 2003 [3] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [4] Tudor I. Oprea. Chemoinformatics in Drug Discovery. John Wiley & Sons, 2006 [5] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology. World Scientific Publishing Company, 2009 |