Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti
| Thesis title in Czech: | Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti |
|---|---|
| Thesis title in English: | Platform for benchmarking efficiency of molecular similarities |
| Key words: | chemická informatika; molekulární podobnost; ligand-based virtuální screening; benchmarkování |
| English key words: | chemoinformatics; molecular similarity; ligand-based virtual screening; benchmarking |
| Academic year of topic announcement: | 2016/2017 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 03.11.2016 |
| Date of assignment: | 04.11.2016 |
| Confirmed by Study dept. on: | 28.11.2016 |
| Date and time of defence: | 06.09.2017 00:00 |
| Date of electronic submission: | 21.07.2017 |
| Date of submission of printed version: | 21.07.2017 |
| Date of proceeded defence: | 06.09.2017 |
| Opponents: | Mgr. Radoslav Krivák, Ph.D. |
| Guidelines |
| Ligand-based virtuální screening je jednou ze základních metod chemické informatiky pro předpověď molekulární aktivity. Tato metoda je založená na podobnostním principu, jenž dává do vztahu molekulární podobnost a aktivitu. Volba vhodné reprezentace a podobnostní funkce je tak základním předpokladem pro úspěšné použití ligand-based virtuálního screeningu. V současné době existuje řada různých reprezentací a podobnostních metod, nicméně chybí možnost jejich snadného porovnání.
Student navrhne a implementuje platformu pro hodnocení molekulárních reprezentací a podobnostních funkcí pro potřeby ligand-based virtual screeningu. Platforma bude splňovat zejména následující požadavky: 1) Možnost snadno přidat novou molekulární reprezentaci, podobnostní funkci a datovou sadu. 2) Spuštění testů na serveru i počítačové infrastruktuře. 3) Správa přes webové rozhraní. 4) Zobrazení a analýza výsledků. Funkčnost platformy bude demonstrována vyhodnocením výkonnosti vybraných molekulárních reprezentací na state-of-the art datových sadách. |
| References |
| [1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender:Handbook of Chemoinformatics Algorithms, Chapman & Hall, 2010
[2] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook, Wiley, 2003 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |