Predikce terciární struktury RNA na základě předlohy
| Thesis title in thesis language (Slovak): | Predikce terciární struktury RNA na základě předlohy |
|---|---|
| Thesis title in Czech: | Predikce terciární struktury RNA na základě předlohy |
| Thesis title in English: | Template-based RNA tertiary structure prediction |
| Key words: | RNA; terciární struktura; predikce |
| English key words: | RNA; tertiary structure; prediction |
| Academic year of topic announcement: | 2015/2016 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | slovenština |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 16.11.2015 |
| Date of assignment: | 17.11.2015 |
| Confirmed by Study dept. on: | 29.03.2016 |
| Date and time of defence: | 16.06.2016 00:00 |
| Date of electronic submission: | 24.05.2016 |
| Date of submission of printed version: | 25.05.2016 |
| Date of proceeded defence: | 16.06.2016 |
| Opponents: | Mgr. Jan Jelínek |
| Guidelines |
| Predikce struktury makromolekul typu RNA nebo proteinů je jednou z často studovaných úloh bioinformatiky. Zatímco sekvence makromolekul je dnes již získatelná relativně levně a rychle, metody pro měření struktury jsou pozadu. Znalost struktury je obvykle nutná k pochopení funkce jednotlivých molekul a proto schopnost počítačově predikovat strukturu ze sekvence je nedocenitelná. Cílem této práce je implementovat počítačovou metodu predikce struktury RNA na základě znalosti její sekvence a struktury přibuzné RNA molekuly. Na rozdíl od de-novo predikčních metod, které jsou schopné predikovat strukturu pouze pro velice malé molekuly, použití známé příbuzné struktury jako předlohy a informace o konzervovaných úsecích by mělo umožnit predikci strukury i velkých molekul jako jsou ribozomální RNA. Metoda bude založena na principu copy-and-paste predikce implementované v algoritmu cp-predict pro predikci sekundární struktury RNA, ale bude jej aplikovat do oblasti predikce struktury terciární. Součástí práce bude i experimentální evaluace metody. |
| References |
| [1] Josef Pánek, Jan Hajič jr., David Hoksza. Template-Based Prediction of Ribosomal RNA Secondary Structure, IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), Belfast, UK, pp.: 18-20, IEEE, 2014
[2] (2015) rPredictor dokumentace. http://rpredictor.ms.mff.cuni.cz/documentation/ [3] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 [4] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 |
| Preliminary scope of work in English |
| The prediction of macromolecules like RNA or proteins is one of the often studied problem in the field of bioinformatics. While sequences of macromolecules can be identified relatively fast and cheap, the structure determination methods lag behind. The knowledge of a structure is usually necessary to fully understand the function of molecules and thus the ability to computationally predict the molecular structure is priceless. The goal of this thesis is to implement a computational method of RNA structure prediction based on the knowledge of its sequence and structure of a related RNA molecule. Unlike de-novo prediction methods, which are able to predict only structures of very small molecules, utilization of a known related structure together with the information about conserved regions should enable to predict the structure of even large molecules such as ribosomal RNAs. The method will be based on the copy-and-paste prediction implemented in the cp-predict algorithm for prediction of the secondary RNA structure, but it will apply it to the field of tertiary structure prediction. The thesis will include experimental evaluation of the method. |