Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů
| Thesis title in Czech: | Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů |
|---|---|
| Thesis title in English: | Visual Querying in Chemical Databases using SMARTS Patterns |
| Key words: | Vizuální dotazování, Chemická databáze, SMILES, SMARTS |
| English key words: | Visual querying, Chemical database, SMILES, SMARTS |
| Academic year of topic announcement: | 2012/2013 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 17.02.2013 |
| Date of assignment: | 17.02.2013 |
| Confirmed by Study dept. on: | 10.04.2013 |
| Date and time of defence: | 16.06.2014 00:00 |
| Date of electronic submission: | 22.05.2014 |
| Date of submission of printed version: | 23.05.2014 |
| Date of proceeded defence: | 16.06.2014 |
| Opponents: | doc. RNDr. Irena Holubová, Ph.D. |
| Guidelines |
| SMARTS jazyk je jazyk podobný regulárním výrazům, kterým umožňuje popsat vzory vyskytující se v chemických vzorcích. Je jím možné specifikovat, kde se v grafu chemické struktury mají vyskytovat jaké vzory a jak mají být propojeny. SMARTS jazyk je podobný jazyku SMILES (Simplified molecular-input line-entry specification), který se běžně používá pro 1D zápis molekul pro počítačové zpracování. Každý SMILES výraz je validní SMARTS vzor. Cílem práce je implementace webového nástroje pro grafický zápis SMARTS řetězců. Nástroj bude současně schopen pro (graficky) zadané požadavky na strukturu vygenerovat validní SMARTS řetězec (nebo jiný zápis s podobnou sílou) a ten použít pro dotazování do databáze chemických sloučenin (např. PubChem). |
| References |
| [1] WWW: http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html, 2011
[2] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |