Výsledky projektů za rok 2022

Článek Let us expand this Western project by admitting diversity and enhancing rigor: A systematic review of empirical research on alternative economies je systematickou rešerší empirických studií, které se zabývají alternativními ekonomikami (alternative economies - AEs) či alternativními ekonomickými prostory (alternative economic spaces) a byly publikovány v recenzovaných vědeckých časopisech. Rešerše mapuje úžeji definovanou literaturu jako celek, ale důraz klade na studie, které představují data ze zemí Globálního Jihu (použita je kategorie Světové banky Low and Middle-income Countries). Výsledky rešerše ukazují jednak, že literatura o AEs je z velké části teoreticko-konceptualizační a také, že pozornost empirických studií byla dříve hlavně na globálním Severu (v High-income Countries) a zároveň, že studií z globálního Jihu výrazně přibývá teprve v posledních několika letech. Článek představuje mapovaná témata, zaměření a podstatu AEs, použité metody výzkumu atp. Text prošel během roku 2021 recenzním řízením a byl přijat v časopise Ecological Economics (článek je přiložen, v tištěné podobě vyjde v červnu 2022). Tento časopis se řadí k předním časopisům v oblasti ekonomie a má impakt faktor 5,389.

Tento článek publikovaný v odborném recenzovaném časopisu shrnuje výsledky výzkumného projektu podpořeného
grantem. Článek čtenářům představuje českou verzi Neuropsychological Assessment Battery a také výsledky validizační studie, při níž byla ověřena i kriteriální validita metody.

Nelze editovat minulé roky, článek vyšel již v roce 2020.

DOI: 10.1016/j.jse.2021.07.020.
IF 3.019/2020 (Q2)

Submitted manuscript- Under Review
[Manuscript Number: BBE-D-22-00060]
IF 4.314 /2020 (Q2)

Letter to the Editor:
[non-IF peer-reviewed journal]
DOI: 10.5644/ama2006-124.320.

Článek byl na základě výsledku recenzního řízení přijat k publikování a v tuto chvíli probíhá jeho příprava pro tisk. Přikládáme text článku i potvrzení o jeho přijetí k publikaci.

Většina poplatníků daně z příjmů právnických osob bude v letošním roce čelit výpočtu daňově neuznatelných nadměrných výpůjčních výdajů podle ustanovení § 23e zákona č. 586/1992 Sb., zákona o daních z příjmů, ve znění pozdějších předpisů. Cílem tohoto článku je seznámit čtenáře s problematickými aspekty tohoto výpočtu a pokusit se o shrnutí praktických poznatků, které by mohly být pro čtenáře přínosem.

Článek se zabývá systematickou psychologickou péčí o ženy po perinatální ztrátě. Popisuje konkrétní psychologický metodický postup a doporučené komunikační postupy. Jednotlivé kroky jsou detailně popsány na doložených kazuistikách. Zároveň ukazuje efektivitu systematické psychologické péče pro další těhotenství matek po perinatální ztrátě.

UMUAI - Special Issue on Dynamic Recommender Systems and User Models

In this paper, we focus on the problem of rank-sensitive proportionality preservation when aggregating outputs of multiple recommender systems in dynamic recommendation scenarios. We believe that individual recommenders may provide complementary views on the user’s preferences or needs and therefore their proportional (i.e., unbiased) aggregation may be beneficial for the long-term user satisfaction. We propose an aggregation framework (FuzzDA) based on a modified D’Hondt’s algorithm (DA) for proportional mandates allocation. Specifically, we adjusted DA to register fuzzy membership of items and modified the selection procedure to balance both relevance and proportionality criteria. Furthermore, we propose several iterative votes assignment strategies and negative implicit feedback incorporation strategies to make FuzzDA framework applicable in dynamic recommendation scenarios. Overall, the framework should provide benefits w.r.t. long-term novelty of recommendations, diversity of recommended items as well as overall relevance.
We evaluated FuzzDA framework thoroughly both in offline simulations and in on-line A/B testing. Framework variants outperformed baselines w.r.t. click-through rate (CTR) in most of the evaluated scenarios. Some variants of FuzzDA also provided the best or close-to-best iterative novelty (while main taining very high CTR). While the impact of the framework variants on userwise diversity was not so extensive, the tradeoff between CTR and diversity
seems reasonable.

Článek t.č. dostupný pouze online na adrese:
https://journals.sagepub.com/doi/10.1177/10731911211069676

Informace o svazku t.č. nejsou dostupné.

Článek přijat k publikaci.

manuscript of the paper

Publikováno s dedikací projektu GA UK, afiliace 1. LF UK.

Výsledky plnění grantu byly publikovány ve formě článku v časopise Neuroendocrinology (IF 4,9), jehož je hlavní řešitelka první autorkou. Práce je afiliována 3. LF UK a dedikována GAUK, a splňuje tak podmínky pro výstup plnění uděleného grantu GAUK.

U původního článku, který prošel celým recenzním řízením hlavní řešitel nepotvrdil e-mailem spoluautorství a editor navrhl nové zaslání příspěvku k novému recenznímu řízení po vyřešení problému se spoluautorem. Vzhledem k prozatimní nulové komunikaci s hlavním řešitelem byl ze zbývajících výsledků vytvořen urychleně další příspěvek, který byl v době podání závěrečné zprávy v recenzním řízení.

Článek je přijat k tisku.

číslo článku: 828531

Tento původní článek se zabývá způsobem měření extracelulárních vezikulů z pupečníkové krve pomocí průtokového cytometru. Srovnávali jsme tři způsoby měření, které ovlivňují dosažené výsledky, pomocí různého thresholdingu. Používali jsme thresholding na standartní 488 nm modrý laser, 405 nm fialový laser a thresholding pomocí fluorescenčního značení fosfatidylserinem. Laser s kratší vlnovou délkou (405 nm) by měl umožnit detekci menších vezikulů, zatímco používání fluorescenční značky umožní detekci specifických vezikulů. Měření jsme prováděli na destičkových (CD36+CD41+CD62P+) a endotelových (CD105+CD31+) vezikulech. Detekce placentárních vezikulů (PLAP+CD105+) byla v této studii zkreslena nespecifickou vazbou IgG2a protilátek. Na tomto manuskriptu se podíleli oba hlavní řešitelé (Kristýna Pekárková (2019) a Jakub Soukup (2020-2021) a oba jsou společně hlavní autoři studie.

Původní článek zabývající se způsobem zpracování pupečníkové krve na vzorku 20 pacientů a 10 kontrol, které jsme porovnávali. Zde jsme sledovali destičkové (CD36+CD41+CD62P+) a endoteliální (CD105+CD31+) extracelulární vezikuly. Ve sledovaných skupinách jsme nenalezli rozdíl, ale data ukázala důležité rozdíly v hemolytických vzorcích extracelulárních vezikulů. Tento manuskript slouží jako pilotní publikace ke studii na 80 vzorcích pupečníkové krve, kde jsme sledovali placentární vezikuly a jeho publikace je v přípravě. Na tomto manuskriptu se podíleli oba hlavní řešitelé (Kristýna Pekárková (2019) a Jakub Soukup (2020-2021).

Publikace byla vložena již v loňském hodnocení, nicméně vyšla až v roce 2021

Článek se zaměřuje na vybrané aspekty zaměstnávání cizinců ve vztahu k výkonu nelegální práce a to i s přihlédnutím k nástrahám, které s sebou přinesla opatření vlády v oblasti zaměstnávání cizinců v době koronavirové pandemie.

Knoblochova, M., Mudrak, J., & Slepicka, P. (2021). Achievement goal orientations, sport motivation and competitive performance in beach volleyball players. Acta Gymnica, 51, Article e2021.016. https://doi.org/10.5507/ag.2021.016

DOI10.3389/fpsyg.2021.648467

Mudrák, J., Slepička, P., Slepičková, I., Zábrodská, K., & Knoblochová, M. (2021). Motivational beliefs and subjective effort in adolescent athletes. International journal of sport psychology, 52(4), 335-354. doi:10.7352/IJSP.2021.52.335

Článek byl publikován online a je dostupný na následujícím odkazu: https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/13811118.2022.2051653

Přikládám také PDF verzi článku.

Celá citace s odkazem:
Martin Mazanec, Jan Valenta, and Jiří Málek, (2021), "Does VS30 really reflect earthquake amplification? Case study from the West Bohemia Seismic Network," SEG Technical Program Expanded Abstracts : 1937-1941. https://doi.org/10.1190/segam2021-3582277.1

Článek se zabývá analýzou primárních cílií v závislosti na dávce genů Sprouty2 a Sprouty4 s důrazem na Shh signalizaci. V rámci publikovaných výsledků se nám podařilo prokázat vliv abnormální RTK signalizace na vznik nadpočetného zubu v antemolárovém prostoru v mandibule, což již v předešlých pracích bylo asociováno s revitalizací zubních rudimentů, které se při fyziologickém vývoji podílejí na vývoji prvního moláru u myší. Analýza fenotypu Sprouty 2 a Sprouty2/4 deficientních myší s pomocí µCT a kultivace izolovaných buněčných kultur in vitro odhalila defekty v enchondrální formaci kostní tkáně a determinaci prstních paprsků a dále také kraniofaciální abnormality včetně zmiňovaných nadpočetných zubů. Všechny patologie popsané v rámci naší práce mohou být projevem ciliopatií, jelikož byly v minulosti popsány jako součást ciliopatického fenotypu u člověka či myši. Analýza u Sprouty 2 deficientních myší ukázala, že zuby v tvářové oblasti vykazují také defekty okluze. Kromě nadpočetných zubů v oblasti anteriorně od prvního moláru se vyskytoval nadpočetný hrbolek na prvním moláru a u Sprouty 2 deficientních zvířat byla zubní řada v mandibule celkově delší ve srovnání s kontrolou. Řezáky Sprouty 2 deficientních myší byly v porovnání s kontrolou zkráceny, zatímco moláry byly v porovnání s kontrolou vyšší. Porucha RTK signalizace podmíněna deficiencí Sprouty2 resp. Sprouty 2 a 4 pravděpodobně způsobuje upregulaci Shh signální dráhy, která je také esenciální pro fyziologickou morfologii a funkci primárních cilií. Sprouty geny se v tomto kontextu ukázaly jako vhodné kandidátní geny pro další testování v rámci našich plánovaných in vitro experimentů zubní iniciace.

doi: 10.1016/j.jcf.2021.07.006. Online ahead of print.

Outer membrane and phospholipid composition of the target membrane affect the antimicrobial potential of first- and second-generation lipophosphonoxins se týká pórotvorných látek a jejich účinků na bakteriální a umělé membrány. Práce na tomto projektu se metodicky překrývá s některými postupy, dále použitými při výzkumu fonticinů.

doi: 10.1016/j.jat.2021.105608

doi: 10.4064/sm201119-29-9

V tomto odborném článku pojednávám témata vězeňského výzkumu, která jsou výsledkem mého terénního bádání a teoretických znalostí získaných v rámci dvouletého projektu „Sluchová zkušenost odsouzených v českých věznicích“. Vězení zde charakterizuji jako vizuálně neprostupné a nebezpečné prostředí, ve kterém se sluch stává klíčovým smyslem pro orientaci a přežití. Ukazuji, jak se v situaci uvěznění proměňuje sluchové nastavení vězně, který se tak ocitá v novém modu slyšení a naslouchání, a jak tento stav působí na přístup k poslechu hudby. Výpovědi odsouzených odhalily, že snížená kapacita sluchové pozornosti a prožívání negativních emocí skrze percepci vězeňských zvuků, nepříznivě ovlivňuje vykonávání kognitivně náročných činností, jako je v tomto případě poslech jazzové hudby. Ve svém výkladu se napojuji na diskurz afektové teorie, abych tak vysvětlila vztah mezi zvuky, sluchovou zkušeností a akustemologií sociokulturních podmínek uvěznění. Zvukové prostředí věznice tematizuji jako akustickou atmosféru, ve které odsouzení dlouhodobě pobývají, a jejímuž působení jsou konstantně vystaveni. Z výzkumu vyplývá, že zvuky vězeňského prostředí, schopné přenést afekt mezi jeho obyvateli, vytvářejí převážně negativní akustickou atmosféru, ve které se stává kýžený účinek poslechu hudby pro některé odsouzené nedosažitelný.

Z důvodu zpožděné realizace projektu způsobené protipandemickými ochrannými opatřeními, v rámci kterých mi byl nejprve zcela odepřen, a později značně omezen přístup do terénu (jak jsem tuto situaci popsala výše), došlo ke zdržení publikace některých výsledků výzkumu. Odborný článek, který byl stanoven jako cíl projektu, je v době podání této zprávy ve formě rukopisu připravený k publikaci a nachází se v recenzním řízení odborného antropologického časopisu CARGO. Žádám proto Grantovou radu o odložení hodnocení projektu

Popularizační článek pojednávající o hudebních, i nehudebních zvucích v prostředí českých věznic byl publikován ve slovenském časopise Kapitál. Popsala jsem v něm akustické prostředí v závislosti na denním režimu a sociální situaci ve vězení a nastínila jsem způsoby, jakým jim odsouzení naslouchají a jak na ně působí. Dále jsem v článku představila podoby, v jakých do vězení hudba vstupuje a nastínila jsem její specifické funkce v tomto prostředí.
Dostupné z: [https://kapital-noviny.sk/klakson-chresteni-klicu-praskani-katru-zvuky-vezeni/]

Výsledek vzešel ze spolupráce se Západočeskou univerzitou v Plzni, kde probíhalo testování probandů a se Španělskou univerzitou v Toledu, kde jsem absolvoval semestrální stáž v rámci doktorského studia.
Časopis je indexován na Scopus a na Web of Science je řazen v Emerging Sources Citation Index. Dedikace projektu a afiliace fakultě uvedena v článku i v OBD.

Jelikož výsledkem recenzního řízení manuskriptu v Cell Report na jaře loňského roku bylo odmítnutí s tím, že po splnění navrhovaných experimentů celkem od tří recenzentů jsme byli přízváni k "rebuttalu", rozhodli jsme se toto podstoupit a snažit se stále o publikování našich výsledků v tomto prestižním časopise. Podstatou navrhovaných experimentů byla snaha o pochopení molekulární podstaty DDI2 KO, čili jednalo se bohužel o časově velmi náročné experimenty (generovaní další KO stabilních linií, proteomické analýzy, rescue analýzy). Díky tomuto se publikování sdržuje. Rebuttal letter byl editorovi odeslán v lednu tohoto roku a čekáme na vyjádření. Díky těmto doplňujícím experimentům se nám podařilo nashomážit data, která podporují naše původní pozorování. Pevně proto doufáme, že manuskript bude přijat k recenznímu řízení.

Článek v recenzním řízení.

Článek přijat do tisku.

Série Versicolores (sekce Nidulantes) zahrnuje významné druhy rody Aspergillus. Její členové patří mezi nejběžnější houby v „indoor prostředí“, představují riziko pro lidské zdraví (spory přítomné v bioaerosolech způsobují alergie, zhoršují astma, atd.), někteří způsobují systémové infekce a produkují mykotoxin sterigmatocystin, všichni jsou navíc xerofilní (dokáží růst při nízké vodní aktivitě, nebo nedostatku vody obecně). Identifikace těchto druhů byla problematická i s použitím molekulárních metod, což naznačovalo nesprávné vymezení druhových hranic. Díky dostupnosti velkého množství izolátů (více než 500) bylo možné pochopit vnitrodruhovou a mezidruhovou variabilitu, a tedy i přesně určit druhové hranice. S využitím moderních metod pro druhovou delimitaci byla provedena revize druhových hranic a počet přijatých druhů byl dramaticky snížen ze 17 na 4.

Review article in English. Note that this is a review article and not just a review. It means it is more extensive and delves deeper into the topic.

GAUK dedication is at the last page.

Review published in the Church Law Review.

The article was submitted to the Peace and Conflict journal on August 24, 2021, re-submitted after revisions on January 6, 2022, and accepted for publication on January 10, 2022.

Citation:
Vinšová, P., Kohler, T. J., Simpson, M. J.,
Hajdas, I., Yde, J. C., Falteisek, L., et al.
(2022). The biogeochemical legacy of
Arctic subglacial sediments exposed by
glacier retreat. Global Biogeochemical
Cycles, 36, e2021GB007126. https://doi.
org/10.1029/2021GB007126

Rukopis odevzdaný do recenzního řízení.

The publication was dedicated to the Faculty of Social Sciences and the GAUK project number 26119: Who Sits at The Table? States Representation in International Organizations.

The citation of the publication is: Vlcek, V. 2021. “How Many at the Table? Size Variation of National Delegations to Plenary Meetings of International Organizations.” Mezinárodní vztahy. 56 (1): 7-33.

The journal is a high-quality Czech journal on international relations, recently listed among the Web of Science Emerging Sources.

Elektronická adresa: nature.com/articles/s41467-021-21279-0

Zaneseno v OBD, afiliace i dedikace v pořádku

Článek byl uveden již ve výroční zprávě za rok 2020. Nyní přikládám PDF soubor, který ještě nebyl loni k dispozici.

We submit here a draft of our manscript which is to be submitted by summer 2022. We are fully aware that the manuscript is uncomplete; however, data aquired during the project are presented and we demonstrate the importance of these data to be published in high quality publication, which requires time. Our dataset is large and robust, which we considered as the greatest output from this project.

Článek byl přijat k recenznímu řízení a posudky vyznívají kladně. K přílohám nahrávám též potvrzení časopisu, že by měl být článek publikován v některém z čísel roku 2022.

Odborný článek vydaný ve spolupráci s UMCS, kde byla hlavní řešitelka v rámci projektu na odborné stáži představuje vliv přeshraničních institucí na socioekonomický rozvoj regionu, specificky v jeho částech kde se nachází přeshraniční biosferické rezervace UNESCO a iniciují tak investiční a rozvojové aktivity nejen regionálních a národních, ale i nadnárodních subjektů.

Relative contributions of pre-existing vs de novo genomic variation to adaptation are poorly
understood, especially in polyploid organisms. We assess this in high resolution using
autotetraploid Arabidopsis arenosa, which repeatedly adapted to toxic serpentine soils that
exhibit skewed elemental profiles. Leveraging a fivefold replicated serpentine invasion, we
assess selection on SNPs and structural variants (TEs) in 78 resequenced individuals and
discover significant parallelism in candidate genes involved in ion homeostasis. We further
model parallel selection and infer repeated sweeps on a shared pool of variants in nearly all
these loci, supporting theoretical expectations. A single striking exception is represented by
TWO PORE CHANNEL 1, which exhibits convergent evolution from independent de novo
mutations at an identical, otherwise conserved site at the calcium channel selectivity gate.
Taken together, this suggests that polyploid populations can rapidly adapt to environmental
extremes, calling on both pre-existing variation and novel polymorphisms.

Doplnění přijatého článku k závěrečné zprávě z loňského roku.

Article Number: 338949;
https://doi.org/10.1016/j.aca.2021.338949

Article number: 108815
https://doi.org/10.1016/j.diamond.2021.108815

Submitted - under revision.

Submitted - under revision.

Text je zatím v recenzním řízení. Článek byl dedikován GAUKu, původní cíle projektu (dva články) byly však splněny. Jedná se tak o text navíc.

Tento článek se zaměřuje na představení soudobé zahraniční i domácí literatury zabývající se dějinami psy-disciplín v Evropě po roce 1945 z pohledu historie a sociologie lidské subjektivity, která vychází především z genealogické metody Michela Foucaulta. Cílem článku je poskytnout vhled do současných zahraničních diskusí na poli soudobých dějin psy-disciplín a zároveň se pokusit vytyčit některá badatelská témata v oblasti československých dějin psy-disciplín v letech 1948 až 1989. Text je proto rozdělen do tří hlavních částí: za prvé, představení literatury zabývající se vztahem psy-disciplín a (neo)liberálního způsobu vládnutí v západní Evropě; za druhé, analýza literatury, jež se zaměřuje na roli psy-disciplín v socialistických státech bývalého Východního bloku; za třetí, představení prací, jež se pokoušejí genealogickou perspektivu dějin psy-disciplín obohatit o východiska materiálního obratu. Klíčová slova: psy-disciplíny; historiografie; sociologie; genealogie subjektivity

Q1
DOI: 10.1093/rheumatology/keab397

Q1

Přijato k publikaci
Q2

Q1

Článek popisuje optimalizaci podmínek fotochemického generování těkavých specií ruthenia a následnou aplikaci této metody na autentické vzorky.

Článek shrnující závěry stejnojmenné disertační práce.

Počínaje první polovinou 19. století se v egyptském prostředí setkáváme s přítomností architektů evropského původu, kteří s sebou přinášeli historizující slohy převládající v Evropě. Ovlivnili zejména obytnou a administrativní architekturu, zatímco místní islámská náboženská architektura se zpočátku striktně držela starších lokálních vzorů. Změna nastala na přelomu 20. a 30. let 20. století s příchodem architekta Maria Rossiho (1897–1961), který zásadním způsobem zasáhl do dalšího vývoje architektury mešit nejen na území Egypta. Předkládaný článek je výsledkem dlouhodobého terénního výzkumu. Představuje Rossiho osobnost a zaměřuje se na případové studie čtyř z jeho projektů realizovaných na území Káhiry, kterým byla v doposud publikovaných studiích věnována minimální pozornost v porovnání s jeho největší realizací, monumentální mešitou Abú al-ᶜAbbáse al-Mursího v Alexandrii. Článek poukazuje na užitá inovativní technická, dekorativní i koncepční řešení, demonstruje vývoj, kterým prošel Rossiho styl a způsob, jakým jeho tvorba ovlivnila další architektonickou produkci.

Článek nese název Vymahatelnost práva v oblasti environmentální kriminality.
V příspěvku si autorka klade dvě otázky: 1) Z jakého důvodu je vymáhání práva v oblasti environmentální kriminality
obtížné? 2) Jaké strategie lze uplatnit pro zlepšení vymahatelnosti práva v oblasti environmentální kriminality?
Článek se opírá o dostupnou literaturu z oboru kriminologie. Problematika je ilustrována praktickými
příklady environmentální kriminality.

další spoluautoři Jan Krátký, Jan Jiskra, Hana Vítková

Abstrakt: Jod je potřebný pro syntézu hormonů štítné žlázy, které ovlivňují vývoj mozku, růst a metabolismus. V důsledku neadekvátně nízkého příjmu jodu a poklesu syntézy hormonů štítné žlázy vznikají choroby z nedostatku jodu. Jejich závažnost se odvíjí nejen od stupně jodového deficitu, ale také od fáze vývoje, ve kterém se jedinec nachází.

Přirozeným nedostatkem jodu v prostředí je celosvětově postiženo mnoho oblastí včetně Česka a incidence chorob z nedostatku jodu je celosvětově vysoká. Efektivním opatřením vedoucí ke snížení dopadu jodového deficitu bylo zavedení plošné jodace soli. Ačkoliv se Česko považuje od roku 2004 za stát s dostatečnou jodovou saturací, jodovým deficitem jsou stále ohroženy skupiny obyvatel se zvýšenými nároky na přísun jodu, jako jsou těhotné ženy a novorozenci.

Tato skupina je navíc k jodovému deficitu zvláště citlivá, a i mírný jodový deficit může trvale ovlivnit kognitivní vývoj plodu a mít negativní vliv průběh těhotenství. Také některé chorobné stavy jako například diabetes mellitus mohou být spjaty s jodopenií. Naopak u některých skupin obyvatel mohou opatření zavedená pro prevenci chorob z nedostatku jodu vést k excesivnímu příjmu jodu s možnými riziky. Nutností je kontrola fortifikace potravin jodem a pravidelné monitorování jodového statutu obyvatelstva včetně jednotlivých rizikových skupin.

The main outcome of this project.

Side project using the methods developed here

Data získaná v rámci našeho projektu doplňují studii dr. Eduarda Jirkovského popisující kardioprotektivní účinek schváleného kardioprotektiva dexrazoxanu (DEX) a jeho otevřeného metabolitu ADR-925. Bylo dokázáno, že DEX se po administraci rozpadá na chelatačně aktivní metabolit ADR-925, který nechrání kardiomyocyty před poškozením indukovaným daunorubicinem (DAU). V rámci našeho projektu bylo zjištěno, že DEX na rozdíl od ADR-925 chrání kardiomyocyty také před poškozením DNA vyvolaném DAU. Tím je potvrzeno, že snížení toxicity DAU vyvolané preinkubací s DEX není zapřičiněno chelatačně aktivním metabolitem ADR-925.

Článek se zaměřuje na formy, kterými učitelé získávají inspiraci pro své experimentální aktivity v hodinách fyziky. Součástí je také porovnání těchto forem inspirace v závislosti na věku, pedagogických zkušenostech, pohlaví i typu školy, na které respondenti učí.

The article has been accepted but is still in press, and so no journal volume is available

Článek je vydán elektronicky v "Early access" – zatím nemá tištěnou podobu (čísla stránek).

DOI: 10.1109/TPAMI.2021.3102676

The purpose of our study was to investigate peak torque (PT) of knee extensors (KE) and knee flexors (KF), bilateral and unilateral strength asymmetries in isokinetic testing and vertical jump height (JH), vertical ground reaction force (VGRF), and force differences (ΔVGRF) between legs during different jump tests in professional first-line firefighters (n = 15) competing in fire sports disciplines. There was a significant effect of jump type on JH (F2,44 = 7.23, p < 0.05), VGRF (F2,44 = 16.03, p < 0.05), and ΔVGRF (F2,44 = 3.45, p < 0.05). Professional firefighters achieved a mean JH of 50.17 cm in the countermovement jump free arms and high PT of KEs (3.15 Nm/kg). No significant differences (p > 0.05) and small effect sizes (d < 0.3) were found between the legs when PTs were assessed. We found a slightly higher (d = 0.53) unilateral strength ratio in non-dominant legs (58.12 ± 10.26%) compared to dominant legs (55.31 ± 7.51%). No effect of laterality was found among limb comparisons, but a higher unilateral isokinetic strength ratio was found in non-dominant legs of firefighters. A high level of strength (PT of KEs > 3 times body weight) and vertical jump performance is comparable to the performance of elite athletic populations.

doi: https://doi.org/10.3390/healthcare10020395

doi: https://doi.org/10.3389/ijph.2022.1604067

Článek již vyšel v elektronické podobě a během letošního roku vyjde i v jednom z vydání časopisu.

Článek je dostupný online na https://www.nature.com/articles/s42003-021-02419-0
Bohužel se mi nepodařilo zjistit, co se v takovémto případě uvádí jako "počáteční" a "poslední" stránka, uvedl jsem proto místo toho číslo článku.

V publikaci jsme chybně uvedli číslo projektu GAUK, další přílohou ale dokazujeme publikaci Erratu, kde tuto chybu napravujeme.

Rukopis odevzdaný v roce 2021, přijat, vyjde v čísle 36/1 (2022).

Článek pojednává o méně známých výzkumech Bedřicha Dubského na předhradí hradiště Prácheň v létech 1920, 1927 a 1943.

článok submitovaný v decembri 2021, prijatý po minor revision v januári 2022

Jedná se o hlavní výstup projektu.
V článku jsou popsány dopady negativních zkušeností v dětství na život jedince, současné možnosti podpory dětí s negativními zkušenostmi v českém školství, základní principy trauma respektujícího přístupu, systémové zavedení trauma respektujícího přístupu prostřednictvím rámce PBIS (Positive Behaviour Interventions and Support) a možnosti implementace PBIS v českých školách za účelem předcházení problémovému chování a podpory duševního zdraví všech žáků.

Know-how načerpané při zahraničních stážích a v průběhu projektu bylo využito k podpoře dobré praxe v aktuální náročné situaci.

Článek je v recenzním řízení časopisu, kde by se měl stát jedním z příspěvků zvláštního čísla věnovanému výstupům z mezinárodní konference Private Law Relationships in the Time of Pandemic konané v listopadu 2020 (na straně časopisu došlo patrně z organizačních důvodů ke zdržení ve vydání zvláštního čísla).

Article ID 9986874 | https://doi.org/10.1155/2021/9986874

Publikace v anglickém jazyce popisující transplantační experimenty na potkanech (výsledky naší laboratoře) - transplantace Langerhansových ostrůvků v biodegradabilním skeletu do velkého omenta.

Souhrnné sdělení v českém jazyce pojednává o alternativních místech transplantace Langerhansových ostrůvků.

Článek obsahuje afiliaci škole a přiznání financování od GAUK. Také byl 13.9.2021 vložen systému OBD Univerzity Karlovy, kde byl připojen k financování GAUKem

Příloha 3. Přehledová publikace shrnující roli dlouhých nekódujících RNA a metylace DNA v progresi karcinomu ovarií.

Prvoautorský článek elektrofyziologických korelátů účinků psychedelik

„Salomaki, Eric D., et al. Gregarine single-cell transcriptomics reveals differential mitochondrial remodeling and adaptation in apicomplexans. BMC biology 19.1 (2021): 1-19“. Součástí kolektivu autorů jsou 3 členové týmu a je uvedena afiliace GAUKu.

V publikaci jsme jako první studovali mitochondriální metabolismus gregarin a také objasnili fylogenetickou pozici kryptosporidií. Součástí kolektivu autorů jsou 3 členové týmu a je uvedena afiliace GAUKu.

s dedikací GAUK

Výstupní publikace "Maternal morphine intake during pregnancy and lactation affects the circadian clock of rat pups".

Český článek předpokládaný v grantové žádosti a zároveň naplňují vytyčený cíl projektu v praktické oblasti (tedy v otázce relevance výsledků výzkumu pro praktické současné otázky obranné politiky).

Článek zabývající se problematikou embryogeneze, její vizuální reprezentací a vlivem, jaký měla nová technika - mikroskop, nové objevy a experimentální metoda na přemýšlení o živém.

Časopis je součástí databáze Scopus.

Článok bol publikovaný v Lednu 2022. Zaoberali sme sa účinkami 4-MU na pamať u myší. Liečba bola podávana 6 mesiacov perorálne preto sme sledovali celkový liečby na rozličné orgány (slezina, játra, klouby).
Boli robené behaviorálne, imunohistochemické, a molekulárne analýzy.
Na túto prácu navazuje ďaľší projekt, kde sa sleduje efekt 4-MU na starnúcich myšiach a myšiach s AD.

článek formátu letter to the editor

Tento článek kombinuje tři soubory dat: 1) pozorování chování opylovačů v experimentálních patchích zdravých a nakažených rostlin, 2) měření odměn a vizuálních signálů zdravých a nakažených rostlin, 3) kvantifikování přenosových kapacit skupin opylovačů (zvlášť pro pyl a pro spory květních snětí). Nejdůležitějším výsledkem článku je zjištění, že opylovači reagují na nakažené rostliny mnohem výrazněji až po dosednutí na nakažený květ (než před dosednutím během výběru rostliny). Konkrétně se ukázalo, že opylovači zkracují návštěvu nakažených rostlin, což velmi dobře odpovídá teoretickým předpovědím – nakažené rostliny nabízí méně nektaru a žádný pyl, pro opylovače je tedy výhodně zkrátit návštěvu a minimalizovat tak své ztráty. Toto chování společně s mírnou diskriminací vůči návštěvám nakažených rostlin velmi pravděpodobně vede k pattern v disperzi pylu/spor, které jsme pozorovali v našem prvním článku.

Impaktní faktor se mi nepodařilo nalézt. Po kliknutí na odkaz je nutné přihlášení, které nemám aktivované.

Under revision

In preparation (before submission)

Under revision

Submitted

Acknowledgements: This work was supported by the Charles University Grant Agency (Project No. 906419). The author is grateful to Dr. Svítek and Professor Höhn for helpful suggestions.

Článek přijat k publikaci 24.prosince 2021.

Article ID: AJH26452
Article Title: TLR8/TLR7 dysregulation due to a novel TLR8 mutation causes severe autoimmune hemolytic anemia and autoinflammation in identical twins.
Journal Title: American Journal of Hematology

In Press Journal Pre-Proof

Článek popisující monitorovací systém a jeho jednotlivé části. Dále se věnuje prvním výsledkům monitoringu a rozdílům mezi jednotlivými lokalitami.

Journal of Functional Analysis má (pokud vím) číslování stran u každého článku ve svazku zvlášť (proto jsem napsal strany 1-19).

Článek "František Ladislav Čelakovský a česká baltistika" bude vydán roku 2022 v čísle 1/2021 časopisu "Oriens Aliter". Přikládáme potvrzení o přijetí do tisku.

https://doi.org/10.3390/biology11020175

MALECEK, Jan a James J. TUFANO. Effects of Ammonia Inhalants in Humans: A Review of the Current Literature Regarding the Benefits, Risks, and Efficacy. Strength & Conditioning Journal [online]. 2021, 43(6), 76-86 [cit. 2022-01-17]. ISSN 1524-1602. Dostupné z: doi:10.1519/SSC.0000000000000630

Dočekal, V.; Koberová, T.; Hrabovský, J.; Vopálenská, A.; Gyepes, R.; Císařová, I.; Rios, R.; Veselý, J. Stereoselective Cyclopropanation of Boron Dipyrromethene (BODIPY) Derivatives by an Organocascade Reaction. Adv. Synth.Catal. 2021, Early View, https://doi.org/10.1002/adsc.202101286.

DOI: 10.1021/acsnano.1c08816
Entanglement of excitons holds great promise for the future of quantum computing, which would use individual molecular dyes as building blocks of their circuitry. Studying entangled excitonic eigenstates emerging in coupled molecular assemblies in the near-field with submolecular resolution has the potential to bring insight into the photophysics of these fascinating quantum phenomena. In contrast to far-field spectroscopies, near-field spectroscopic mapping permits direct identification of the individual eigenmodes, type of exciton coupling, including excited states otherwise inaccessible in the far field (dark states). Here we combine tip-enhanced spectromicroscopy with atomic force microscopy to inspect delocalized single-exciton states of charged molecular assemblies engineered from individual perylenetetracarboxylic dianhydride (PTCDA) molecules. Hyperspectral mapping of the eigenstates and comparison with calculated many-body optical transitions reveals a second low-lying excited state of the anion monomers and its role in the exciton entanglement within the assemblies. We demonstrate control over the exciton coupling by switching the assembly charge states. Our results reveal the possibility of tailoring excitonic properties of organic dye aggregates for advanced functionalities and establish the methodology to address them individually at the nanoscale.

DOI: 10.1021/acsnano.1c01318
Charged optical excitations (trions) generated by charge carrier injection are crucial for emerging optoelectronic technologies as they can be produced and manipulated by electric fields. Trions and neutral excitons can be efficiently induced in single molecules by means of tip-enhanced spectromicroscopic techniques. However, little is known of the exciton-trion dynamics at single molecule level as this requires methods permitting simultaneous subnanometer and subnanosecond characterization. Here, we investigate exciton-trion dynamics by phase fluorometry, combining radio frequency modulated scanning tunnelling luminescence with time-resolved single photon detection. We generate excitons and trions in single Zinc Phthalocyanine (ZnPc) molecules on NaCl/Ag(111), and trace the evolution of the system in the picosecond range. We explore the dependence of effective lifetimes on bias voltage and describe the conversion mechanism from neutral excitons to trions, via charge capture, as the primary pathway to trion formation. We corroborate the dynamics of the system by a causally deterministic four-state model.

DOI: 10.1063/5.0048476
Constant amplitude bias modulation over a broad range of microwave frequencies is a prerequisite for application in high-resolution spectroscopic techniques in a tunnel junction, e.g., electron spin resonance spectroscopy or optically detected paramagnetic resonance. Here, we present an optical method for determining the frequency-dependent magnitude of the transfer function of a dedicated high-frequency line integrated with a scanning probe microscope. The method relies on determining the energy cutoff of the plasmonic electroluminescence spectrum, which is linked to the energies of the electrons inelastically tunneling across the junction. We develop an easy-to-implement procedure for effective compensation of an radio frequency line and determination of the transfer function magnitude in the GHz range. We compare our method with conventional fully electronic calibration and find a perfect agreement.

Informace k počtu stran: 14 stran, nestránkováno, v kolonce počáteční a poslední strana uvedeno číslo článku.
Dedikace GAUK379421.

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/adfm.202101391

v kolonce autor je uvedena jen hlavní řešitelka, která byla spoluautorkou v tomto publikačním výstupu. Kompletní citace viz zde:
Musálek, M., Sedlak, P., Dvořáková, H., Vážná, A., Novák, J., Kokštejn, J., Beránková, D., Vokounová, Š., & Pařízková, J. (2021). Insufficient Physical Fitness and Deficits in Basic Eating Habits in Normal-Weight Obese Children Are Apparent from Pre-School Age or Sooner. Nutrients, 13(10), 3464.

The paper describes the differences in oral and vaginal microbiota among four different wood mice species which differ in their mating system with Apodemus agrarius being the most promiscuous, A. sylvaticus, A. flavicollis being less promiscuous and A. uralensis being the least promiscuous. The most promiscuous A. agrarius harbors more species-specific bacteria in comparison with others. The captivity had a reducing effect on microbiota composition.

The paper covers the long-time interest in lipocalins, proteins scrutinized in Pavel Stopka's lab from all kinds of perspectives. My contribution was to cover the relationship between lipocalins and the microbiome, namely the role of lipocalins in controlling the growth of both pathogen and mutualistic bacteria.

Superfluid helium-4 could be modelled by the SHTC equations for binary mixtures that we work with in our GAUK project. The principal question is what energy functional should be used to describe that material.

Martin Sýkora studied the "standard" choice from [1] and faund that such energy cannot be in general formulated as a function of the state variables (namely entropy) and that the model is therefore incoplete.

We do not know the exact pages.

1) I. M. Khalatnikov, An Introduction to the Theory of Superfluidity, Westview Press, 2000

Porovnání koordinančních vlastností kyanoferrocenu, isokyanoferrocenu a (difenylfosfino)ferrocenu bylo provedeno na komplexech octanu rhodnatého a tyto výsledky byly publikovány v časopise Journal of Organometallic Chemistry.

Hlavní autorkou článku je spoluřešitelka grantu Dorota Turoňová. Díky získaným poznatkům z oblasti mikroextrakce na tuhou fázi, je snahou aplikovat miniaturizaci i do úpravy vzorku pro analýzy vitaminu K.

Hlavní řešitelka grantu je spoluautorkou článku zabývající se kompletní problematikou vitaminu K.

DOI: https://doi.org/10.1080/24748668.2021.1942652

DOI: https://doi.org/10.5114/hm.2021.1041801

Manuskript byl úspěšně dovypracován a publikován dne 26.10.2021 v periodiku Molecules.

Manuskript je "under review"

Uvedeny dedikace GAUK a afiliace k PřF UK.

doi.org/10.3390/ microorganisms10030549

doi.org/10.1039/d1cy01694f

doi.org/10.1007/s00284-021-02747-8

Accepted manuscript which was published online but it is not included in the issue yet.

10.1111/jfb.15021

Plná verzia publikácie

While only small differences in the gut microbiota were found between the groups, their metabolic activity differed substantially. In particular, we observed a significantly different abundance of fermentation products associated with protein and carbohydrate intakes in the vegans. Vegans had significantly lower abundances of potentially harmful (such as p-cresol, lithocholic acid, BCAAs, aromatic compounds, etc.) and higher occurrence of potentially beneficial metabolites (SCFAs and their derivatives

doi: 10.3390/cells10061271.

Publikace je připravena do tisku

https://www.jbc.org/article/S0021-9258(21)01148-0/fulltext

Vědecký článek publikovaný v rámci tohoto projektu hlavní řešitelkou.

Paginaci časopis neuvádí (e38)
IF nedodán, neboť jej na Clarivate (dříve WoS?) nemůžu najít.
Url zde: https://www.cambridge.org/core/journals/evolutionary-human-sciences
V textu uvedené IS (1.73) je podle resurchify.com

Infections of the human central nervous system by parasitic worms, such as pork tapeworm or rat lungworm, are a health threat, especially in communities with poor hygiene and sanitation. Understanding the diversity of host-parasite interactions, possibly leading to development of effective treatment or vaccine, requires suitable animal models. Our study deeply characterized the neuroinvasion of the mouse spinal cord by the neuropathogenic flatworm Trichobilharzia regenti. Its behavior within the nervous tissue (active migration, eager feeding) and clinical outcome of the infection (weight loss, motor dysfunctions, strong neuroinflammation) resemble those observed in human diseases. Using an integrative approach, we elucidated how the mice fight against the parasites and which mechanisms could be responsible for the pathological sequelae. Moreover, we identified pathways potentially involved in the reparation of the injured nervous tissue. All these features make T. regenti in mice a promising candidate for further research in parasitology, and neuroimmunology.

Published co-authored article with GAUK dedication

Článek byl přijat k publikaci v srpnu 2021. Potvrzení přijetí k publikaci, společně s kopií článku, přikládám do přílohy. Článek obsahuje dedikaci projektu GA UK, ke kterému je publikace evidována jako výstup i afiliaci FF UK.

Visual perception is one of the basic tools for exploring the world. However, in schizophrenia, this modality is disrupted. So far, there has been no clear answer as to whether the disruption occurs primarily within the brain or in the precortical areas of visual perception (the retina, visual pathways, and lateral geniculate nucleus [LGN]). A web-based comprehensive search of peer-reviewed journals was conducted based on various keyword combinations including schizophrenia, saliency, visual cognition, visual pathways, retina, and LGN. Articles were chosen with respect to topic relevance. Searched databases included Google Scholar, PubMed, and Web of Science. This review describes the precortical circuit and the key changes in biochemistry and pathophysiology that affect the creation and characteristics of the retinal signal as well as its subsequent modulation and processing in other parts of this circuit. Changes in the characteristics of the signal and the misinterpretation of visual stimuli associated with them may, as a result, contribute to the development of schizophrenic disease.

https://www.nature.com/articles/s41537-022-00237-9#citeas

Animální studie byla odeslány do časopisu Progress in Neuropsychopharmacology & Biological Psychiatry (impact factor 5.06) a čeká na recenzní posudek.

Abstract
The present study aimed to examine a weakly electric fish Gnathonemus petersii (G. petersii) as a candidate model organism of glutamatergic theory of schizophrenia. The idea of G. petersii elevating the modelling of schizophrenia symptoms is based on the fish’s electrolocation and electrocommunication abilities. Fish were exposed to the NMDA antagonist ketamine in two distinct series differing in the dose of ketamine. The maim finding revealed ketamine-induced disruption of the relationship between electric signalling and behaviour indicating impairment of fish navigation. Moreover, lower doses of ketamine significantly increased locomotion and erratic movement and higher doses of ketamine reduced the number of electric organ discharges indicating successful induction of positive schizophrenia-like symptoms and disruption of fish navigation. Additionally, a low dose of haloperidol was used to test the normalisation of the positive symptoms to suggest a predictive validity of the model. However, though successfully induced, positive symptoms were not normalised using the low dose of haloperidol; hence, more doses of the antipsychotic need to be examined to confirm the predictive validity of the model.

Spoluautorský článek (hlavním autorem R. Juras z FŽP ČZU) se zaměřením na tematiku rain-on-snow. Příspěvek hlavního řešitele projektu (O. Hotového) spočíval především v práci s modelem HBV za účelem vytvoření simulací hydrologických dat pro vybraná povodí Krkonoš a Jeseníku, což umožnilo následnou analýzu událostí rain-on-snow událostí v těchto zájmových územích.

Jedná se o číslo 1 ročníku 36, rok 2021

- v březnu 2021 prošel text recenzním řízením a byl přijat do tisku
- v srpnu 2021 byly provedeny předtiskové korektury
- na přelomu listopadu a prosince bylo číslo časopisu odevzdáno do tiskárny
- fyzicky číslo vyjde na přelomu let 2021/2022 (vročení bude 2021)

Číslo časopisu má vročení 2020, avšak k otištění došlo až v roce 2021.

https://doi.org/10.14712/18047106.1928

https://doi.org/10.2478/cdem-2020-0004

https://doi.org/10.33225/jbse/21.20.316

Autorský kolektiv: Jan Kriska, Zuzana Hermanova, Tomas Knotek, Jana Tureckova and Miroslava Anderova.

Hlavní řešitel tohoto GA UK je spoluautorem na publikaci, článek obsahuje dedikaci GAUK a afiliaci 2. LF.

Kolektiv autorů: Tomas Knotek, Lucie Janeckova, Jan Kriska, Vladimir Korinek, Miroslava Anderova.

Publikováno 2020.
Přehledový článek, hlavní řešitel tohoto projektu GAUK je prvním autorem této publikace, publikace obsahuje dedikaci tomuto projektu GA UK a afiliaci 2. LF.

Autorský kolektiv: Jan Kriska Lucie Janeckova, Denisa Kirdajova, Pavel Honsa, Tomas Knotek, David Dzamba, Denisa Kolenicova, Olena Butenko, Martina Vojtechova, Martin Capek, Zbynek Kozmik, Makoto Mark Taketo, Vladimir Korinek, and Miroslava Anderova

Hlavní řešitel tohoto projektu GAUK je spoluautorem této publikace, publikace obsahuje dedikaci tomuto projektu GA UK a afiliaci 2. LF.

Článek popisující systém a metody vyvinuté pro výzkum interakce syncytinů s receptory. Byl oceněn jako Best Retrovirology Paper by a Young Scientist v roce 2021.

https://doi.org/10.3390/antiox10101532

článek byl přijat a probíhají finální úpravy - vložená verze je proofs

Rhodium (Rh) is used predominantly in the automotive industry for three-way catalysis (TWC). CO oxidation efficiency during TWC can be significantly improved by adding CeO 2 -active support known for its oxygen storage capacity (OSC). In this work, the CO oxidation mechanism of Rh nanoparticles on CeO2(111) and CeO2(110) was studied with the focus on oxygen exchange between catalytic particles and active support. This exchange is analyzed utilizing isotopically labeled O-18. We prepared similar to 20 angstrom oriented CeO2 layer by evaporation on Rh(111) and Rh(110) single crystals followed by Rh deposition of 10-20 nm particles. These model catalysts are studied by means of TDS, MB adsorption, TPR, AFM, LEED, and XPS. The reaction achieves higher performance on Rh/CeO2(110). It is explained by the slightly weaker CO-Rh bond and the higher oxygen exchange activity. CO desorption energies at zero coverage are 2.39(7) X 10(-19) J for Rh/CeO2(111) and 2.28(7) X 10(-)(19) J for Rh/CeO2(110). We observed the diffusion of oxygen from molecular beams into the CeO2 support and measured a contribution of CeO2 oxygen to the reaction. During low-pressure reaction cycles with temperature range 300-770 K, the produced CO2 contains 53% of oxygen from the support for Rh/CeO2(111) and 70% for Rh/CeO2(110).

Příloha je z verze článku před korekturou.
Plná verze je dostupná z :
http://www.zpravodajhu.cz/cz/archiv-detail/?year=2021&magazine=97&article=516

Zpravodaj Hnědé uhlí patří do seznamu recenzovaných periodik vydávaných v ČR. Je současně zařazen a hodnocen systémem databáze Index Copernicus International, výzkumné databáze EBSCO a databází českých a slovenských odborných zdrojů Pablikado.

Tento článek se zabývá rolí oxidativní fosforylace, důležitého tématu tohoto projektu, v quiescentních buňkách. Eliška Novotná přispěla k této práci měřením oxidativního stresu a buněčné smrti. Tyto metody si Eliška osvojila v průběhu řešení současného projektu. Z těchto dvou důvodů jsme tento kvalitní článek uvedli jak výstup i v současném projektu. Rukopis byl finálně přijat v Autophagy po revizi, na které jsme pracovali během roku 2021. Článek byl publikován v březnu 2022.
Příspěvek jednotlivých grantů:
GAUK 1506318 (E. Novotná): měření ROS a buněčné smrti
GAUK 1552218 (S. Novais): experimenty zaměřené na autofágii
GAUK 1435320 (M. Milosevic): analýza metabolomických a transcriptomických dat

We submitted the manuscrpit summarizing our results in the special issue "Vector-Parasite Relationships" in the journal "Microorganisms". The manuscript was recieved on September 23 and published after revisions on November 6, 2021.

První integrální studie rodu Neotinea podchycující variabilitu rodu v celém areálu prostřednictvím širokého spektra biosystematickým metod. Naše data ukazují na existenci taxonomicky nedořešených linií, zejména ve V Mediteránu, které si zasluhují zvýšenou pozornost.

Rozpracovaný text studie Musical Theatre as an Object of Transnational Political Exchange: The Case of Isaac Dunayevsky’s Operettas in Czechoslovakia, jehož abstrakt byl přijat v call for proposals časopisu HSCE. Odkaz na webové stránky časopisu zde: http://ojs.elte.hu/hsce/index

DOI: https://doi.org/10.7554/eLife.71578

Jiří Březina and Matouš Vobořil share equal contribution to this article as first authors.

Článek v časopise s IF včetně dedikace GAUK

Manuskript byl zaslán do časopisu Microorganisms 1.10.2021 a byl publikován 29.10.2021 jako součást speciálního vydání "Vector-Parasite Relationships".

https://doi.org/10.3390/microorganisms9112256

Zároveň byla fotografie z této publikace vybrána jako cover pro listopadové číslo Microorganisms https://www.mdpi.com/2076-2607/9/11

Preprint článku, potvrzení o přijetí článku k tisku připojeno v příloze.

Příspěvek je věnován problematice hodnocení úrovně rozvoje porozumění textu, který je dětem předčítán v mateřské škole.

The results of this project were published in Plos Genetics (Li Q, Dibus M, Casey A, et al. A homozygous stop-gain variant in ARHGAP42 is associated with childhood interstitial lung disease, systemic hypertension, and immunological findings. PLoS Genet. 2021;17(7):e1009639). The support of GAUK is in the paper acknowledged.

I examine 468 estimates on the relationship between trading volume and stock returns reported in 44 studies. I study publication bias together with Bayesian and frequentist model averaging to explain the heterogeneity in the estimates. The results yield three key conclusions. First, publication bias distorts the findings of the primary studies. Second, the predictability of stock returns varies with different markets and stock types. Third, different data characteristics, structural variations and methodologies used drive the heterogeneity in the results of the primary articles. In particular, one should be cautious when using monthly data or VAR models.

- Porovnání clubfoot tkání z M- a L-side: srovnání množství kolagenu (hydroxyprolinová esej), množství trivalentních kroslinků (EIA - enzymová imunoanalýza), odolnost tkání vůči degradaci bakteriální kolagenázou (sledování degradace v čase); vizualizace a kvantifikace přítomnosti kolagenu typu I v tkáních (imunohistochemické barvení, obrazová analýza), analýza exprese genu COL1A1 v tkáních (qPCR).
- Základní studie cytotoxicity při použití inhibitoru enzymu lyzyl oxidázy (LOX) β-aminopropionitrilu (BAPN) na kulturách buněk izolovaných z clubfoot M-side (místo patologie).
- Hodnocení množství trivalentních kroslinků a celkového množství vyprodukovaného kolagenu v kulturách buněk z clubfoot M-side po aplikaci BAPN.
- Článek nese dedikaci GA UK, afiliaci 2. LF UK a Fakultní nemocnice Bulovka. K publikaci byl přijat dne 29. 10. 2021. Hlavní řešitelka projektu GA UK je zde spoluautorem a korespondenčním autorem. Podílela se na převážné většině experimentů, analýze a zpracování dat, a také připravovala text samotné publikace.

původní práce, kde je řešitel GAUK jako spoluautor, data vychází ze sdílené kohorty a článek má dedikaci našeho GAUK

původní práce, kde je řešitel GAUK jako spoluautor, data vychází ze sdílené kohorty a článek má dedikaci našeho GAUK

Publikace se nyní nachází v recenzním řízení (termín odevzdání příspěvků byl do konce roku 2021), nejsou mi tudíž zatím známy údaje, jako číslo svazku a počáteční a poslední stránka. Připojuji proto rukopis připravený k publikaci a dané údaje doplním, jakmile periodikum vyjde tiskem (plánováno v polovině roku 2022).
Žádám proto Grantovou radu o odložení hodnocení.

Open access review
https://doi.org/10.3390/antiox10040526

in press

in press

Publikácia sa okrajovo týka témy projektu GA UK - polárny chrakter látok a náročnosť vývoja separačnej metódy

Publikácia sa okrajovo týka témy vývoja separačnej meódy pre fenolické látky.

Z plánovaných výstupů byl pak dále splněn publikovaný článek ve věstníku Za starou Prahu v čísle 3/2021, které vyjde během dubna 2022. (v tuto chvíli se jedná o jeden článek s afiliací a dedikací, s příštími čísly jsou plánovány minimálně další dva).
Přiložený soubor neprošel korekturou, a proto jsou přítomné drobné chyby (diakritika, grafické zpracování apod.)

V rámci časopisu Biomedicines bylo hlavní řešitelkou a její vedoucí sepsáno review, které se přímo týká tématu grantu. Registrační číslo grantu je uvedeno i v rámci článku mezi Funding informacemi. Grant byl víceméně podkladem pro vznik celého review v rámci načítaní dostupných publikací týkajících se AAV genové terapie využívané v léčbě míšního poranění na experimentální úrovni.

Článek zatím zřejmě vyšel jen online, viz https://link.springer.com/article/10.1007/s00493-021-4664-9

Proto nevím, jak vyplnit svazek. Do ISSN jsem vyplnil eISSN časopisu.

Původní sdělení, výsledky experimentální práce zastřešené projektem GAUK, která hodnotí použití dvouvrstevných nanovlákenných materiálů v prevenci anastomotického leaku a peritoneálních adhezí.

Note: This article was published in a Journal without printed media; hence there is no "Last Page and Home Page". I used "Home Page" to write the article number.

This article was submitted and reviewed before last year's GA UK evaluation but had not yet been accepted.However, soon after the final report deadline ended, this article was indeed accepted.

Meta-analýza nalezla zvýšenou aktivitu v levé insule a přilehlých strukturách u pacientů s unipolární depresí ve srovnání s pacienty s bipolární depresí. Nález naznačuje, že klidová aktivita insuly a s ní asociovaných neurálních sítí může být biomárkrem použitelným k odlišení těchto poruch.

publikováno online 11. března 2022
https://doi.org/10.102/acs.analchem.2c00154

Childhood T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) still remains a therapeutic challenge due to relapses which are resistant to further treatment. L-asparaginase (ASNase) is a key therapy component in pediatric T-ALL and lower sensitivity of leukemia cells to this drug negatively influences overall treatment efficacy and outcome. PTEN protein deletion and/or activation of the PI3K/Akt signaling pathway leading to altered cell growth and metabolism are emerging as a common feature in T-ALL. We herein investigated the relationship amongst PTEN deletion, ASNase sensitivity and glucose metabolism in T-ALL cells. First, we found significant differences in the sensitivity to ASNase amongst T-ALL cell lines. While cell lines more sensitive to ASNase were PTEN wild type (WT) and had no detectable level of phosphorylated Akt (P-Akt), cell lines less sensitive to ASNase were PTEN-null with high P-Akt levels. Pharmacological inhibition of Akt in the PTEN-null cells rendered them more sensitive to ASNase and lowered their glycolytic function which then resembled PTEN WT cells. In primary T-ALL cells, although P-Akt level was not dependent exclusively on PTEN expression, their sensitivity to ASNase could also be increased by pharmacological inhibition of Akt. In summary, we highlight a promising therapeutic option for T-ALL patients with aberrant PTEN/PI3K/Akt signaling.

The “Energies” journal is indexed both by Web of Science (Clarivate), and Scopus databases, and has an impact factor of three (IF=3.004) and article influence score (AIS) of 0.444. The “Energies” journal is ranked in the 2nd best Quartile (Q2), by the Scimago journal rankings, across its all disciplines, including “Energy”, and “Environment and Sustainability”. Moreover, this article belongs to the special topical issue of “Energies” journal “Electricity Demand-Side Management, an economics topic.

Článek seznamuje čtenáře s hlavními změnami, která přínesla dlouho očekávaná novelizace úpravy bezpečnosti provozování zimních sportů v Itálii prostřednictvím D.Lgs. 40/2021, jež nabyl účinnosti k 1.1.2022.

Článek navazuje na seriál s popisem případů lyžařských nehod, jejíž následky byly předmětem projednávání u soudu. Jednm z důvodů proč jsou rozhodnutít soudů nižších stupňů často nejednotná a nepředvídatelná je i absence zvláštní úpravy lyžování v českém právním řádu. Článek tedy stručně mapuje aktuální obecnou úpravu v rovině občanskoprávní a trestněprávní formou extraktu srozumitelného lyžařské veřejnosti, zdůrazňuje klíčovou roli mezinárodních Pravidel FIS, zmiňuje z dnešního pohledu již obsoletní technickou normu, včetně jejich nedostatků. Uzavírá závazností Pravidel FIS, jakožto jediného mezinárodně uznávaného a dlouhodobě zaužívaného kodexu norem chování lyžaře.

DOI: 10.1002/chem.202200590

Chemically and structurally flexible zeolites that adapt to coordinate extra-framework cations show a rich variety of gas adsorption behavior. Zeolite framework composition can be tuned to optimize pore geometry and host-guest interaction to improve selectivity. Herein, we report the study on the influence of zeolite framework nature on the separation of CO2/CH4, for CHA system containing variable isomorphously substituted heteroelements (none, B, Al, Ga, and Ti). Their performance has been evaluated by single-component isotherms and the overall separation ability was found to be related to both the geometry of 8-ring pore apertures in CHA and interaction between zeolite host and guest molecules, as revealed by Rietveld refinement of PXRD after dehydration and variable-pressure FTIR spectroscopy. Nearly isotropic geometry of the 8-ring pore opening in Al-CHA (3.84 × 3.89 Å) was obtained, while Ga-CHA exhibits the largest distortion (3.76 × 3.93 Å). Despite the smallest ionic radius of B, both the pore size of 8-ring (3.76 × 3.86 Å) as well as the unit cell volume are the smallest amongst the studied materials. Due to the combination of both the textural and the chemical factors, the maximum CO2 capacity and separation selectivity over CH4 follows the order Al-CHA > Ga-CHA > B-CHA ≈ Si-CHA > Ti-CHA. These observations suggest that tuning the framework composition of zeolite can strongly influence the separation of small molecules such as CO2 and CH4.

Protichůdné výsledky systematického přehledu a metaanalýzy ukázaly v této studii velkou heterogenitu, spolu s mnoha dalšími rozpory, které přinesl předchozí výzkum v této oblasti, včetně metod detekce irisinu, vyžadují další šetření. Navíc ačkoli mnoho studií v tomto přehledu a metaanalýze prokázalo nízké riziko zkreslení, budoucímu výzkumu v této oblasti by prospěly sofistikovanější a důslednější návrhy. Větší velikosti vzorků by umožnily analýzy, které mohou odpovídat za heterogenitu, která je zásadním faktorem. Hlavní důraz by však měl být kladen na zlepšení proudu analytické techniky pro měření hladin krevního irisinu.

Článek obsahuje dedikaci GAUK

This new publication is an important part of the dissertation progress of the principal researcher (Hakan Ucar - PhD student), and it is related to the GAUK project. The publication is a paleomagnetism study on Matuyama-Brunhes magnetic reversal in cave sediments from Czech Republic. It does not include an acknowledgement of the Charles University Grant Agency but it includes an affiliation to the Faculty of Science, Charles University under which the project was submitted.

The paper was registered in OBD under SVV project.

As explained in the report, due to the pandemic, my fieldwork under SVV project was postponed from 2020 to 2021. This caused a delay in the beginning of my GAUK project, which I was able to start in the second half of 2021. This delay affected also the timeline in planned publications, as the first published paper had to be submitted as an SVV output (though it also includes acknowledgments for GAUK), thus affecting a slight delay in the work on the GAUK output, as well as on other outputs I am currently working on (including one with my PhD and GAUK supervisor Dr. Marián Sloboda).

Článek se zaměřuje na vztah mírné behaviorální poruchy a atrofie vybraných mozkových struktur u nedementních starších osob v riziku rozvoje Alzheimerovy nemoci; v souladu s výzkumnými cíli projektu. Publikace obsahuje dedikaci grantu a afiliaci 2.LF UK.

The article was published in the open access journal Catalysts in November 2019 within its special issue entitled Immobilization of Enzymes. In this work, a research exploring the binding of the so called iBodies targeted against His-tag is described. The technology developed in this experimental work is to be further applied within the project, namely for the development of alternative targeting strategies utilizing the binding of complete His-tagged proteins to iBodies as targeting ligands.

This article published in the Journal of Biological Chemistry describes the development and characterization of conformationally selective polymer conjugates which target GCPII (Glutamate carboxypeptidase II), a prostate cancer marker that we commonly use as a model protein in our experiments. Although officially dedicated to a different GAUK project ( No. 1352219), this research was absolutely essential for the design and performance of the main project targeting the NKG2D receptor.

Amniotes possess astonishing variability in sex determination ranging from environmental sex determination (ESD) to genotypic sex determination (GSD) with highly differentiated sex chromosomes. Geckos are one of the few amniote groups with substantial variability in sex determination. What makes them special in this respect? We hypothesized that the extraordinary variability of sex determination in geckos can be explained by two alternatives: 1) unusual lability of sex determination, predicting that the current GSD systems were recently formed and are prone to turnovers; and 2) independent transitions from the ancestral ESD to later stable GSD, which assumes that geckos possessed ancestrally ESD, but once sex chromosomes emerged, they remain stable in the long term. Here, based on genomic data, we document that the differentiated ZZ/ZW sex chromosomes evolved within carphodactylid geckos independently from other gekkotan lineages and remained stable in the genera Nephrurus, Underwoodisaurus, and Saltuarius for at least 15 Myr and potentially up to 45 Myr. These results together with evidence for the stability of sex chromosomes in other gekkotan lineages support more our second hypothesis suggesting that geckos do not dramatically differ from the evolutionary transitions in sex determination observed in the majority of the amniote lineages.

Palenikova V, Frolikova M, Valaskova E, Postlerova P, Komrskova K. αV Integrin Expression and Localization in Male Germ Cells. Int J Mol Sci. 2021 Sep 2;22(17):9525. doi: 10.3390/ijms22179525. PMID: 34502434; PMCID: PMC8431249.
Tento článok je zameraný na prítomnosť αV integrínovej podjednotky na ľudských, myších a kančích spermiách. Tento glykoproteín bol nájdený na plazmatickej membráne ľudskej spermie, a to konkrétne v akrozomálnej oblasti ejakulovanej spermie. Po indukcií akrozomálnej reakcie došlo ku relokalizácií αV po celej hlavičke spermie a časť daného proteínu bola uvoľnená zo spermie. Z našej štúdie vyplývá, že by tento glykoproteín mohol slúžiť ako marker kvality spermií.

Abstract
Schizophrenia is a severe psychiatric disorder characterized by emotional, behavioral and cognitive disturbances, and the treatment of schizophrenia is often complicated by noncompliance and pharmacoresistance. The search for the pathophysiological mechanisms underlying schizophrenia has resulted in the proposal of several hypotheses to explain the impacts of environmental, genetic, neurodevelopmental, immune and inflammatory factors on disease onset and progression. This review discusses the newest insights into the pathophysiology of and risk factors for schizophrenia and notes novel approaches in antipsychotic treatment and potential diagnostic and theranostic biomarkers. The current hypotheses focusing on neuromediators (dopamine, glutamate, and serotonin), neuroinflammation, the cannabinoid hypothesis, the gut-brain axis model, and oxidative stress are summarized. Key genetic features, including small nucleotide polymorphisms, copy number variations, microdeletions, mutations and epigenetic changes, are highlighted. Current pharmacotherapy of schizophrenia relies mostly on dopaminergic and serotonergic antagonists/partial agonists, but new findings in the pathophysiology of schizophrenia have allowed the expansion of novel approaches in pharmacotherapy and the establishment of more reliable biomarkers. Substances with promising results in preclinical and clinical studies include lumateperone, pimavanserin, xanomeline, roluperidone, agonists of trace amine-associated receptor 1, inhibitors of glycine transporters, AMPA allosteric modulators, mGLUR2-3 agonists, D-amino acid oxidase inhibitors and cannabidiol. The use of anti-inflammatory agents as an add-on therapy is mentioned.
(Q2)

Abstract
The identification and quantification of mitochondrial effects of novel antipsychotics (brexpiprazole, cariprazine, loxapine, and lurasidone) were studied in vitro in pig brain mitochondria. Selected parameters of mitochondrial metabolism, electron transport chain (ETC) complexes, citrate synthase (CS), malate dehydrogenase (MDH), monoamine oxidase (MAO), mitochondrial respiration, and total ATP and reactive oxygen species (ROS) production were evaluated and associated with possible adverse effects of drugs. All tested antipsychotics decreased the ETC activities (except for complex IV, which increased in activity after brexpiprazole and loxapine addition). Both complex I- and complex II-linked respiration were dose-dependently inhibited, and significant correlations were found between complex I-linked respiration and both complex I activity (positive correlation) and complex IV activity (negative correlation). All drugs significantly decreased mitochondrial ATP production at higher concentrations. Hydrogen peroxide production was signifcantly increased at 10 µM brexpiprazole and lurasidone and at 100 µM cariprazine and loxapine. All antipsychotics acted as partial inhibitors of MAO-A, brexpiprazole and loxapine partially inhibited MAO-B. Based on our results, novel antipsychotics probably lacked oxygen uncoupling properties. The mitochondrial effects of novel antipsychotics might contribute on their adverse effects, which are mostly related to decreased ATP production and increased ROS production, while MAO-A inhibition might contribute to their antidepressant effect, and brexpiprazole- and loxapine-induced MAO-B inhibition might likely promote neuroplasticity and neuroprotection. The assessment of drug-induced mitochondrial dysfunctions is important in development of new drugs as well as in the understanding of molecular mechanism of adverse or side drug effects.
(Q1)

Tepotinib is a novel tyrosine kinase inhibitor recently approved for the treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC). In this study, we evaluated the tepotinib’s potential to perpetrate pharmacokinetic drug interactions and modulate multidrug resistance (MDR). Accumulation studies showed that tepotinib potently inhibits ABCB1 and ABCG2 efflux transporters, which was confirmed by molecular docking. In addition, tepotinib inhibited several recombinant cytochrome P450 (CYP) isoforms with varying potency. In subsequent drug combination experiments, tepotinib synergistically reversed daunorubicin and mitoxantrone resistance in cells with ABCB1 and ABCG2 overexpression, respectively. Remarkably, MDR-modulatory properties were confirmed in ex vivo explants derived from NSCLC patients. Furthermore, we demonstrated that anticancer effect of tepotinib is not influenced by the presence of ABC transporters associated with MDR, although monolayer transport assays designated it as ABCB1 substrate. Finally, tested drug was observed to have negligible effect on the expression of clinically relevant drug efflux transporters and CYP enzymes. In conclusion, our findings provide complex overview on the tepotinib’s drug interaction profile and suggest a promising novel therapeutic strategy for future clinical investigations. This GAUK project covered in vitro transporter part of the paper.

The paper focuses on alisertib, a novel Aurora A kinase inhibitor, which is currently being clinically tested in late-phase trials for the therapy of various malignancies including NSCLC. In the present work, we describe alisertib’s potential to perpetrate pharmacokinetic drug-drug interactions (DDIs) and/or to act as an antagonist of multidrug resistance (MDR). In accumulation assays, alisertib potently inhibited the ABCC1 transporter, but not ABCB1 or ABCG2. The results of molecular modeling suggested a bifunctional mechanism for interaction on ABCC1. In addition, alisertib was characterized as a low- to moderate-affinity inhibitor of recombinant CYP3A4, CYP2C8, CYP2C9, CYP2C19, and CYP2D6 isoenzymes, but without potential clinical relevance. Drug combination studies revealed the capability of alisertib to synergistically antagonize ABCC1-mediated resistance to daunorubicin. Although alisertib exhibited substrate characteristics towards ABCB1 transporter in monolayer transport assays, comparative proliferation studies showed lack of its MDR victim behavior in cells overexpressing ABCB1 as well as ABCG2 and ABCC1. Lastly, alisertib did not affect the expression of ABCC1, ABCG2, ABCB1 transporters and CYP1A2, CYP3A4, CYP2B6 isozymes on mRNA level in various systemic and tumoral models. In conclusion, our study suggests that alisertib is a drug candidate with negligible potential for perpetrating systemic pharmacokinetic DDIs on ABCB1, ABCG2 and cytochromes P450. In addition, we introduce alisertib as an effective dual-activity chemosensitizer whose MDR-antagonistic capacities are not impaired by efflux or effect on MDR phenotype. Our in vitro findings provide important pieces of information for clinicians when introducing alisertib into the clinical area.

In this original research article we integrated ex vivo and in vivo findings regarding the effects of 3-hydroxyphenylacetic acid on the cardiovascular system. We included a more detailed description of how the work was developed in the section: "report on the research progress (2021)".

The work involved combining the techniques and methodologies of both Lab-In-Syringe and Lab-On-Valve for the development of an automated renewable solid phase extraction methodology coupled online to HPLC for the pre-concentration and determination of nonsteroidal anti-inflammatory drugs from surface waters.

Article published in the top journal Acta Geotechnica

Article published in the top journal Géotechnique

Article published in the top journal Computers and Geotechnics

Article published in the journal Géotechnique Letters

Article published in the top journal Acta Geotechnica

The paper has been accepted for publication on February 10, 2022. However, it is not published yet.

https://editorialexpress.com/cgi-bin/e-editor/e-checksub.cgi?dbase=jae&user_id=buliskeria&manuscript=13049&password=H0HlmFLM

In this work, we examined the expression and localization patterns of various non-coding and coding RNAs and develop a novel approach for visualization of a single mRNA together with its translational event. We analyzed the expression and localization of selected ncRNA target IAPLtr1a. Using RNA FISH we observed that IAPLtr1a ncRNA is present in the nucleus of a fully grown GV oocyte and after NEBD become dispersed in the cytoplasm on the MII stage. After fertilization IAPLtr1a becomes almost absent in the zygote.

Dosud dostupný pouze v online verzi (ASAP).

This manuscript has come back with first round of comments and is under revision.

Metabolická charakterizace nádorových ovariálních buněk nás vedla k zaměření se na analýzu důvodů vysoké exprese hexokinázy 1 v ovariálních nádorech (zatímco většina jiných nádorů preferuje hexokinázu 2). Zjistili jsme, že hexokináza 1 je v ovariálních nádorových buňkách důležitá pro regulaci redox stavu buňky, a že má nečekaně zásadní roli i její neenzymatická aktivita, které se nyní v navazujících pokusech věnujeme.

V práci jsme uplatnili první výsledky tohoto aktuálně řešeného projektu. Konkrétně jsme nově získané primární kultury nádorových buněk analyzovali na expresi hexokináz HK1 a HK2 jak na úrovni mRNA, tak na úrovni proteinové. Zjistili jsme, že ač se tyto kultury výrazně lišily hladinou exprese HK1 a HK2, poměr exprese HK1 a HK2 (na úrovni proteinu) zůstával zachován (Fischerova transformace Pearsonova korelačního koeficientu individuálních western blotů r= 0,938, z=6,20 a p<0,001 pro fixní efekty, a r=0,936, z=4,48 a p<0,001 pro náhodné efekty; n=22). Toto odpovídá korelaci exprese HK1 a HK2 na úrovni mRNA, kde jsme zjistili Pearsonův korelační koeficient r=0,747, p<0,001, n=26. Práce na primárních buňkách tak vhodně doplnila naše předchozí pokusy na buněčných liniích, které představovaly hlavní část problematiky pokrývané tímto článkem.

As the main output of the project, the article clearly demonstrates that it is possible to prepare multilayer core-shell structures formed by coassembly of AB and CD block copolymers where A is a hydrophobic block, B is a polyionic block, C is a polyionic block with opposite charge to A and D is a neutral hydrophilic block. However, such a coassembly requires structural rearrangement of the hydrophobic core of parent AB micelles in order to form an interpolyelectrolyte BC layer between the core and the corona of hydrated D blocks which only occurs if the core is soft.

This manuscript has been accepted and is currently undergoing production.

https://doi.org/10.1002/mabi.202100523

31P-magnetic resonance (MR) is an important diagnostic technique currently used for tissue metabolites assessing, but it also has great potential for visualizing the internal body structures. However, due to the low physiological level of phosphorus-containing biomolecules, precise imaging requires the administration of an exogenous probe. Herein, this work describes the synthesis and MR characterization of a pioneering metal-free 31P-MR probe based on phosphorus-containing polymeric zwitterion. The developed probe (pTMPC) is a well-defined water-soluble macromolecule characterized by a high content of naturally rare phosphorothioate groups providing a high-intensity 31P-MR signal clearly distinguishable from biological background both in vitro and in vitro. In addition, pTMPC can serve as a sensitive 31P-MR sensor of pathological conditions in vivo because it undergoes oxidation-induced structural changes in the presence of reactive oxygen species (ROS). Add to this the favorable 1H and 31P T1/T2 relaxation times and biocompatibility, pTMPC represents a conceptually new diagnostic, whose discovery opens up new possibilities in the field of 31P-MR spectroscopy and imaging.

https://doi.org/10.1038s41598-022-06125-7

We present the MR properties of a novel bio-responsive phosphorus probe doped with iron for dual proton and phosphorus magnetic resonance imaging (1H/31P-MRI), which provide simultaneously complementary information. The probes consist of non-toxic biodegradable calcium phytate (CaIP6) nanoparticles doped with different amounts of cleavable paramagnetic Fe3+ ions. Phosphorus atoms in the phytate structure delivered an efficient 31P-MR signal, with iron ions altering MR contrast for both 1H and 31P-MR. The coordinated paramagnetic Fe3+ ions broadened the 31P-MR signal spectral line due to the short T2 relaxation time, resulting in more hypointense signal. However, when Fe3+ was decomplexed from the probe, relaxation times were prolonged. As a result of iron release, intensity of 1H-MR, as well as the 31P-MR signal increase. These 1H and 31P-MR dual signals triggered by iron decomplexation may have been attributable to biochemical changes in the environment with strong iron chelators, such as bacterial siderophore (deferoxamine). Analysing MR signal alternations as a proof-of-principle on a phantom at a 4.7 T magnetic field, we found that iron presence influenced 1H and 31P signals and signal recovery via iron chelation using deferoxamine.

Tato publikovaná studie je splněním cíle projektu a hlavním publikačním výstupem tak, jak bylo v projektu naplánováno.

Tato odborná recenze zahraničního sborníku, který řešitelka využila jako metodologický rámec studie (hlavního výstupu projektu) je dalším publikačním výstupem projektu.

Publication on Energy Economics. The published version can be found from the link below:
https://doi.org/10.1016/j.eneco.2022.105911

Our project's final evaluation, GAUK 556218, was postponed because we promised further publication. I attach it now to complete our report.

Publication in the Czech Journal of Political Science, Volume 3/2021, pp. 293-313.

(Co-)dedicated to the Charles University Grant Agency, project GA UK No. 1082120.

https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.chemmater.1c03540

Graphite intercalation compounds (GICs) are widely known for their remarkable multifold physicochemical properties and their numerous state-of-the-art applications, such as energy storage, sensors,
lubrication, catalysis, magneto-optics, superconductivity, etc. However, the properties of GICs largely
depend on the synthesis technique, structure, and morphology of the graphite; the size and properties of
the intercalant species and its concentration in the host material. Accordingly, in the field of electrochemical energy storage, the appearance of novel ionic systems and detailed investigations of GICs are
highly desired. In this study, two different types of graphite, natural graphite (NG) and kish graphite (KG),
were used to gain insights into the intercalation of ClO4
anion in graphite from a concentrated Al(ClO4)3
aqueous electrolyte solution through extensive electrochemical studies and various in situ and ex situ
spectroscopic characterization techniques. An analysis of cyclic voltammograms indicated the presence
of surface-controlled charge storage along with diffusion-controlled ion intercalation into the interlayer
spaces in NG and KG. Additionally, a comparative study on the electrochemical behavior of these two
types of graphite showed differences that can be correlated with their structural properties. These
findings open new perspectives for GIC formation in concentrated aqueous electrolytes and applications
in electrochemical energy storage.

Aqueous Zn-based batteries are promising candidates for grid energy storage due to their low cost, intrinsic
safety, and environmental friendliness. Nevertheless, they suffer from limited energy density due to the
utilization of low-voltage cathodes and electrolytes. Graphite could be a viable high-voltage cathode
material owing to its high redox potential (2.1–3.1 V vs. Zn/Zn2+). However, finding a suitable aqueous
electrolyte with high anodic stability remains a fundamental challenge. This work realizes a high-voltage
and low-cost aqueous Zn–graphite dual-ion battery based on a Zn(ClO4)2 water-in-salt electrolyte with
a wide electrochemical window of 2.80 V. The implementation of the supersaturated Zn(ClO4)2 waterin-salt electrolyte containing strong chaotropic ClO4

anions expands the oxidative stability of the
aqueous electrolyte beyond 1.65 V vs. Ag/AgCl or 2.60 V vs. Zn/Zn2+, and facilitates reversible plating/
stripping of Zn2+ with a low overpotential of <50 mV at 1 mA cm
2 and a high upper cut-off potential of
2.5 V vs. Zn/Zn2+. Consequently, the Zn–graphite dual-ion battery delivers a maximum discharge
capacity of 45 mA h g
1 at 100 mA g
1 with a mean discharge voltage of 1.95 V and cycle life of over
500 cycles.

It is well-known that structural defects play a decisive role in electrochemical
behavior of atomically thin materials, where all the defects are directly accessible by the
electrolyte. However, the vast majority of experimental techniques do not allow
disentanglement of the processes at the edges/defects from those at the intact basal plane.
Therefore, to address this issue, we introduce a localized spectroelectrochemical method
featuring a microdroplet electrochemical cell with simultaneous Raman spectroscopy
monitoring. The electrochemical and spectral responses of the basal planes of monolayer
graphene samples with varying levels of disorder were compared. Two contributions,
stemming from the intact and defective areas on the surface, respectively, were discovered
both in the Raman G band shifts and cyclic voltammetry using the hexaammineruthenium
complex. Consequently, two independent electron transfer processes of slower and faster rates
coexist in one sample, but they are restricted to the defect-free and defect-rich areas,
respectively

Popis Aspergillus arizonicus sp. nov. na straně 273-274 (Fungal Planet 1334).

Peter Gorilak generated reagents, optimized protocols, and edited the manuscript.

Peter Gorilak was involved in methods development, data acquisition, data analysis, and writing manuscript.

Emmanuel Levinas emphasized that the other teaches me ethics by its face. He considers face expression as my primary learning before any other learning. The paper uses Levinas’s ethics to draw the
teacher–student relationship as asymmetrical and focuses on language understood as their teaching and learning time. Nevertheless, is it possible to bring Levinas’s philosophy and its critical points into the practice of teacher and simultaneously to avoid getting back into mere rhetoric and pedagogy? Although it is inevitable to thematize while teaching and to expect the answers while asking (the said in teacher role), presence of students as others remind the teacher to answer for himself (the saying as human vocation). The study wants to initiate a debate on the matter of how levinasian ethics could contribute to the understanding of a teacher’s profession and teaching itself.

This theoretical paper aims to bring Levinas’ ethics and its key points into the reflection of basic assumptions of psychotherapy and a therapist-patient relation. The Levinasian ethical understanding of human relation emphasizes its original asymmetry.
It is me who is responsible more than the
others. Therefore, we question whether it is
possible to understand a psychotherapeutic
relation in this way and see the patient as
the other. Since this profession is a calling
to respond to some stranger, who exposes
itself as vulnerable and speaks to the therapist.

The main thesis is that psychotherapist’
acceptance of its incalculable responsibility
in practice is what helps him or her being
human and focusing not only on measurable results but on the person entrusted to him or her. Psychotherapist feels its own responsibility as burdensome because of the trust that was put in him or her, however, finds its uniqueness and freedom at the same time.

The paper is focusing on tepotinib, a novel c-MET tyrosine kinase inhibitor approved in February 2021 by FDA for the treatment of NSCLC. In the study, we aimed to characterize its potential to act as a modulator of pharmacokinetic cytostatic resistance and perpetrator of drug interactions. In accumulation studies, tepotinib exhibited potent inhibition of ABCB1 and ABCG2, while only moderate interaction was recorded for ABCC1 efflux transporter. In addition, tepotinib inhibited several recombinant cytochrome P450 (CYP) isoforms with differing potency. Furthermore, tepotinib synergistically reversed daunorubicin and mitoxantrone resistance in ex vivo explants derived from NSCLC patients with ABCB1 and ABCG2 overexpression, thus we demonstrated that tepotinib modulates MDR in patient-derived NSCLC explants, confirming its clinical chemosensitizing potential. Tepotinib was designated as ABCB1 substrate in monolayer transport assays, but the functional presence of the transporter had no significant influence on the anticancer effect. In conclusion, the drug might be potentially utilized as a valuable chemosensitizer in patients suffering from NSCLC tumors expressing ABCB1 and/or ABCG2. This GAUK project covered the ex vivo transporter part of the paper.

Article number: 9021. https://doi.org/10.3390/ijms21239021

Article number 116643. https://doi.org/10.1016/j.lfs.2019.116643.

For the first time, we have shown that high sEng plasma levels affect BA homeostasis on the basis of complex liver and intestinal effects. These results from healthy male mice show that high sEng modulates BA metabolism by increasing systemic plasma concentrations of BA due to their increased reabsorption in the ileum, as well as inducing synthesis of BA and promoting their biliary excretion.

Citation: Skalicky, D.; Koucky, V.; Hadraba, D.; Viteznik, M.; Dub, M.; Lopot, F. Detection of Respiratory Phases in a Breath Sound and Their Subsequent Utilization in a Diagnosis. Appl. Sci. 2021, 11, 6535. https://doi.org/10.3390/app11146535

Zeolites loaded with metal nanoparticles (NPs) stand out for their distinct activity and selectivity as heterogeneous catalysts. However, the poor stability of metal species limits their applications. Herein, we report a novel synthetic strategy for stabilizing metal nanoparticles inside the MFI zeolite. For the first time, alkoxysilane functional imidazolium-type ionic liquids (ImILs) were used as assistant agents to protect metal precursors (Pt and Pd) against precipitation during the hydrothermal synthesis of the MFI zeolite. The positively charged imidazolium groups in ImILs interact with the negatively charged metal precursors (PtCl42-, PdCl42- etc.), while the alkoxysilane groups participate in zeolite crystallization. Scanning transmission electron microscopy images indicate that most of the Pt and Pd nanoparticles (average diameters of approximately 1.0 nm and 1.7 nm, respectively) are confined in channels or intersections of the MFI zeolite. The shape-selectivity effect on nitroarene hydrogenation over Pt@MFI_ImILs confirmed the successful encapsulation of metal NPs into the MFI matrix. The conversion of the small molecule 4-nitrotoluene is >99%, whereas the bulky 1,3-dimethyl-5-nitrobenzene shows 5.8% conversion. Simultaneously, the Pd@MFI_ImILs catalyst affords a higher reaction rate (25 mmol/s/gMe) than the impregnated Pd@MFI_Imp catalyst (9 mmol/s/gMe) in propene hydrogenation, which is ascribed to the uniform distribution of Pd nanoparticles. The ImIL-assisted synthesis strategy can be therefore successfully used to confine small metal nanoparticles in the MFI zeolite while maintaining its high catalytic activity and shape-selectivity.

Tento článek pojednává o teologickém zdůvodnění útěku, který je důsledkem náboženského pronásledování. Vznikl jako reakce na otázky spojené s legitimitou a cílem útěku křesťanů z Blízkého východu. V článku porovnáváme typy útěků a jejich zdůvodnění v Bibli s příběhy pronásledovaných křesťanů z Iráku a Egypta. Na základě těchto poznatků jsme identifikovali čtyři různé typy teologického přístupu – nebezpečí ztráty spásy, altruistický přístup, slyšení Božího hlasu a oportunistický přístup. Cílem článku je poskytnout pronásledovaným a těm, kdo s nimi pracují, možnost orientovat se ve zdůvodněních, která vedou pronásledované křesťany k útěku.

Časopis Historia Ecclesiastica je indexován ve SCOPUSu.

The shape of nanoparticles is a key factor for efficient delivery of a cargo to cells. We prepared nanogels of
controllable shape suitable for boron delivery from cationic triblock terpolymers poly(ethylene oxide)-bpoly(
2-(N, N, N’, N’-tetramethyl guanidium) ethyl acrylate)-b-poly(2-(dimethylamino)ethyl acrylate),
PEO-b-PGEA-b-PDMAEA, and closo-dodecaborate nano-ions. The physical crosslinking based on ion pairing
of closo-dodecaborate with PGEA blocks led to preassembled nanogels of spherical and wormlike
shape. PDMAEA blocks were later chemically crosslinked with 1,2-bis(2-iodoethoxy)ethane, BIEE, to
maximize the boron loadings and the nanogels stability. Depending on the blocks lengths, a shape transition
was observed after the chemical crosslinking. As confirmed by flow cytometry and confocal microscopy
in cervical carcinoma cell lines in vitro, the wormlike chemically crosslinked nanogels were
internalized the most efficiently.

Publikace byla částečně podpořena grantom GAUK č. 378421.

The Asian box turtle genus Cuora currently comprises 13 species with a wide distribution in Southeast Asia, including China and the islands of Indonesia and Philippines. The populations of these species are rapidly declining due to human pressure, including pollution, habitat loss, and harvesting for food consumption. Notably, the IUCN Red List identifies almost all species of the genus Cuora as Endangered (EN) or Critically Endangered (CR). In this study, we explore the karyotypes of 10 Cuora species with conventional (Giemsa staining, C-banding, karyogram reconstruction) and molecular cytogenetic methods (in situ hybridization with probes for rDNA loci and telomeric repeats). Our study reveals a diploid chromosome number of 2n = 52 chromosomes in all studied species, with karyotypes of similar chromosomal morphology. In all examined species, rDNA loci are detected at a single medium-sized chromosome pair and the telomeric repeats are restricted to the expected terminal position across all chromosomes. In contrast to a previous report, sex chromosomes are neither detected in Cuora galbinifrons nor in any other species. Therefore, we assume that these turtles have either environmental sex determination or genotypic sex determination with poorly differentiated sex chromosomes. The conservation of genome organization could explain the numerous observed cases of interspecific hybridization both within the genus Cuora and across geoemydid turtles.

Monografie je publikací disertační práce, jejíž zpracování bylo jedním z cílů tohoto projektu financovaného z prostředků GAUK.
Předmětem publikace jsou teoretické aspekty vyhýbání se daňovým povinnostem, kterého poplatníci daně z příjmů dosahují prostřednictvím ovládaných zahraničních společností. Vyhýbání se zdanění v oblasti příjmových daní zahrnuje různorodá jednání poplatníků, která mohou být uskutečňována jak v rámci jednoho státu, tak na mezinárodní úrovni. Státy na takové jednání poplatníků obvykle reagují řadou opatření, s cílem zamezit snižování příjmů veřejných rozpočtů a současně zajistit spravedlivé a neutrální zdanění. Vzhledem ke skutečnosti, že mnohá z těchto opatření byla již podrobně zkoumána a jsou předmětem řady odborných publikací jak českých, tak zahraničních autorů, zaměřuje se tato publikace na zkoumání pravidel pro ovládané zahraniční společnosti, které jsou v rámci právního řádu ČR novým institutem, a proto mu doposud byla v akademické sféře v rámci ČR věnována pouze dílčí pozornost.
Publikace se soustředí na aktuální otázky souladu české právní úpravy CFC pravidel se smlouvami o zamezení dvojímu zdanění a s primárním právem EU a na otázku schopnosti této právní úpravy dosáhnout svého účelu, tj. zamezit vyhýbání se zdanění. Publikace se připojuje k doktrinální diskusi o koncepčních problémech spojených s CFC pravidly a předkládá závěry, které tvůrcům české daňové politiky umožní lépe se vypořádat s právní úpravou tohoto opatření a dosáhnout větší právní jistoty při jeho zakotvení.
V návaznosti na identifikované problematické aspekty jsou v publikaci navržena možná řešení, která by uvedené nedostatky eliminovala a která by současně byla v souladu s primárním právem EU a nepředstavovala zbytečně zatěžující transpozici směrnice ATAD.
Monografie je publikována jako e-kniha vydavatelstvím Wolters Kluwer, proto mají požadované přílohy podobu printscreenu jednotlivých stran e-knihy (strany 1 až 4 e-knihy a strany se seznamem autorů a dedikací).

Kniha bude vydána do konce roku 2022. V roce 2021 byly uzavřeny licenční smlouvy s nakladatelstvím Books & Pipes (viz přílohy) a byl odevzdán rukopis (viz příloha) o cca 200 normostranách textu + rozsáhlá obrazová příloha. Afiliace se nachází za 1. straně rukopisu, dedikace v poznámce pod čarou na straně 4.

Monografie vychází z textu disertace, který však musel být pro potřeby publikace upraven. Jelikož v českém prostředí ani mimo něj doposud nevyšla žádná publikace k tématu architektury káhirských mešit od 19. století do současnosti, rozhodl jsem se „záběr“ publikovaného textu poněkud rozšířit. Výsledný název připravované knihy zní tedy „Architektura káhirských mešit v 19., 20. a 21. století“. Vliv starších architektonických tradic je v ní prezentován jako jeden z hlavních fenoménů projevujících se napříč sledovaným obdobím. Díky obecnějšímu zaměření má kniha potenciál zaujmout širší okruh čtenářů. Zahrnuje téměř 350 barevných fotografií, map a půdorysů.

Monografie, která představuje hlavní výstup projektu, byla přijata k publikaci a je zařazena do edičního plánu nakladatelství Wolters Kluwer ČR na rok 2022, jak dosvědčuje potvrzení přiložené k této závěrečné zprávě. Současně je přiložena také aktuální pracovní verze monografie, která se nachází těsně před dokončením. Publikace bude dedikovaná na příslušný projekt GAUK s afiliací Právnické fakultě Univerzity Karlovy. Tematicky se v souladu s cíli projektu zaměřuje primárně na občanskoprávní odpovědnost za újmu na životě a zdraví vzniklou v souvislosti s medicínským výzkumem, konkrétně s použitím nových, dosud nezavedených metod. Adresuje přitom také informovaný souhlas subjektů výzkumu a další specifika pojednávané problematiky aplikovaná na systematicky vymezené případy aplikace nových metod. K tématu přistupuje jak z hlediska teorie civilní odpovědnosti či případného soudcovského aktivismu při dovozování odpovědnostních pravidel, tak také prakticky v podobě konkrétních doporučení.

Monografie byla vydána s dedikací GA UK v březnu roku 2022.

Monografie se věnuje základním kriminologickým aspektům korporátní kriminality. Rozebírá příčiny kriminálního jednání právnických osob a ukazuje možnosti kontroly korporátní kriminality v kontextu současné právní úpravy a soudní judikatury i zahraničních poznatků.

https://www.knihyleges.cz/kriminalita-pravnickych-osob-etiologie-a-prevence

Autorka přináší četné podněty, jak nastavit kvalitní systém compliance, díky kterému právnická osoba předchází trestné činnosti a postihu s ní spojenému. Zabývá se rovněž sankcionováním právnických osob. Zároveň uvádí doporučení pro zákonodárce k optimalizaci právní úpravy.

Publikace je určena pro odbornou veřejnost zaměřenou na prevenci, kontrolu a postih trestné činnosti právnických osob. Může významně pomoci právnickým osobám v jejich běžné praxi, bude však přínosem i pro vědecké poznání v této aktuální problematice.

Předběžný text disertační práce a knihy

Publikace obsahuje shrnutí teoretických východisek pro práci se čtenářskými strategiemi, doporučené metodické postupy a příklady ukázkových lekcí. Vše je doplněno odkazy na videonahrávky, které slouží jako doplněk pro osvojení si metodických postup.
Veškeré metodické materiály byly před publikací ověřeny v 11 mateřských školách.

Závěrečná publikace.

Kniha se teprve chystá do sazby, proto není paginace kapitoly známá.

Metodická kapitola popisující protokol pro SWATH-MS analýzu proteinů vyvinutý a používaný v naší laboratoři. Protokol popisuje kompletní proces přípravy vzorků, získávání MS dat, jejich kompletní zpracování za použití Skyline software a statistickou analýzu za využití R a balíčku MSstats. Tento protokol byl použit i pro přípravu vzorků, jejich MS měření a zpracování dat pro vzorky prasečí CSF měřené v projektu GAUK a řešitelka projektu se podílela na jeho zavedení v laboratoři. Kapitola vyjde v nejbližších dnech.

The book will be published in 2023. I attach the chapter overview and the mansucript of my contribution which has been submitted and is currently under review.

Metodický dokument přispívající k efektivní podpoře vhodného chování pomocí trauma-respektujících přístupů pomáhajících předcházet nebo zmírnit re-traumatizaci dětí s vývojovým traumatem.

Kniha je v současné době v sazbě, finalizují se korektury, následně půjde kniha do tisku.

Kapitola v knize (Aristotelés o rozmnožování živočichů) je věnována návaznostem na aristotelskou biologii v raném novověku a vymezování se vůči ní v důsledku nástupu jiného epistemologického paradigmatu.

Tato kniha je v edičním plánu PedF-UK pro tento rok, po konzultaci s nakladatelstvím lze knihu vydat v roce 2023

Kapitola je po recenzním řízení, odevzdána, probíhá kompletace knihy a její grafická úprava, dle informací od editorek půjde do tisku na podzim 2022.V kapitole je mj. report a reflexe obsahové analýzy, která byla součástí výzkumného projektu podpořeného GA UK. Dedikace i afilace uvedeny.