velikost textu

Výsledky projektu Studium organizace a dynamiky kompartmentů buněčného jádra

Výsledky

▼▲Typ výsledku ▼▲Autor celku ▼▲Název celku
(Celkem 15 zázn.)
Novotný Ivan, Blažíková Michaela, Staněk David, Heřman Petr, Malínský Jan. vivo kinetics of U4/U6•U5 tri-snRNP formation in Cajal bodies. Molecular Biology of the Cell , 2011, sv. 22, s. 513–523. ISSN 1059-1524. IF 5.979. [Článek v časopise]
Článek je zakončením části projektu týkající se Cajalových tělísek. Ověřujeme v něm navržený model interakcí které probíhají v Cajalových tělískách a to pomocí metody FRAP (flurescence recovery after photobleaching) a následného fitování naměřených křivek soustavou parciálních diferenciálních rovnic popisujících chemické reakce. Charakterizovali jsme rychlostní konstanty všech probíhajících reakcí vedoucích k vytvoření tri-snRNP, esenciálního sestřihového faktoru pre-mRNA, a ukázali jsme, že v Cajalových tělískách probíha složení tri-snRNP až 10 krát rychleji než v okolité nukleoplasmě.
Strádalová Vendula, Stahlschmidt Wiebke, Grossmann Guido, Blažíková Michaela, Rachel Reinhard, Tanner Widmar, Malínský Jan. Furrow-like invaginations of the yeast plasma membrane correspond to membrane compartment of Can1. Journal of Cell Science , 2009, sv. 122, s. 2887–2894. ISSN 0021-9533. IF 6.847. [Článek v časopise]
Článek pomocí různých mikroskopických, matematických a imunohistochemických metod ukazuje, že membránové oblasti známé jako MCC (membrane compartment of Can1) ve skutečnosti odpovídají membránovým invaginacím (furrow-like invaginations). Tyto invaginace jsou známé již řadu desetiletí, ale až nyní jim byla přiřazena souvislost s popsanou membránovou doménou.
Staněk, David, Pridalová-Hnilicová, Jarmila, Novotný, Ivan, Huranová, Martina, Blažíková, Michaela, Wen, Xin, Sapra, Aparna K., Neugebauer, Karla M.. Spliceosomal Small Nuclear Ribonucleoprotein Particles Repeatedly Cycle through Cajal Bodies. Molecular Biology of the Cell, 2008, sv. 19, s. 2534–2543. ISSN 1059-1524. IF 6.028. [Článek v časopise]
Článek popisuje pohyb a skládání snRNP ve vztahu ke Cajalovým tělískům (CB). Experimenty fluorescenční mikroskopie odhalily, že se zralé snRNP akumulovaly v CB, přemísťovaly se od jednoho CB ke dhuhému a nebyly přednostně nahrazovány nově importovanými snRNP. Spolu s molekulárně genetickými experimenty data ukazují, že jednotlivé fáze sestřihového cyklu probíhají v živých buňkách v různých kompartmentech, přičemž skládání tri-snRNP probíhá v CB.
Blažíková Michaela, Malínský Jan, Heřman Petr, Článek v odborné publikaci, ve zborníku z konference International Conference on Modeling and Simulation 2010 Prague. Proceedings of the International Conference on Modeling and Simulation 2010, ISBN 978-80-01-04574-9, strany 34-37. Název článku: Modeling of nucleolar self-assembly. Článek se zabývá chováním jadérka během buněčného cyklu, konkrétně opětovným vytvořením jadérka po mitóze, kdy dochází k jeho rozpadu. Popisuje několik navržených modelů na základě kterých byly spuštěny matematické simulace ukazující skládání jadérka a diskutuje parametry jednotlivých modelů. [Jiný výsledek]
Blažíková Michaela, Heřman Petr, Malínský Jan, Přednáška na konferenci: International Conference on Modeling and Simulation 2010 Prague, June 22-25, 2010. Název příspěvku: Modeling of nucleolar self-assembly. [Jiný výsledek]
Blažíková Michaela, Malínský Jan, Heřman Petr, Článek v odborné publikaci, ve vybraném zborníku z konference International Conference on Modeling and Simulation 2010 Prague. Best Book of A.M.S.E.: Lectures on modeling and simulation, eds. Pr. C. Berger-Vachon and Pr. A.M. Gil laFuente, vol. 11. Název článku: Modeling of Entropy-Driven Nucleolar Self-assembly. Článek se zabývá modelováním chování jadérka během buněčného cyklu, kdy po mitóze dochází k postupné syntéze pre-ribozomálních pratikulí a následnému vytvoření jednoho případně několika jadérek. Popisuje entropický princip skládání pre-ribozomálních partikulí a jednotlivé navržené modely. [Jiný výsledek]
Strádalová Vendula, Grossmann Guido, Opekarová Miroslava, Blažíková Michaela, Tanner Widmar, Malínský Jan, Poster prezentován na konferenci: EMBO Meeting 2009, Amsterdam, Aug 29 - Sept 1, 2009. Název: Plasma membrane furrows: Structural basis for stable functional membrane compartmentation. [Jiný výsledek]
Blažíková Michaela, Heřman Petr, Malínský Jan, Poster prezentován na konferenci: EMBO Meeting 2009, Amsterdam, Aug 29 - Sept 1, 2009. Název: Modeling of nucleolar assembly. [Jiný výsledek]
Novotný Ivan, Blažíková Michaela, Malínský Jan, Staněk David, Poster prezentován na konferenci: EMBO Meeting 2009, Amsterdam, Aug 29 - Sept 1, 2009. Název: Hierarchical snRNP interactions with the Cajal body. [Jiný výsledek]
Strádalová Vendula, Blažíková Miroslava, Grossmann Guido, Opekarová Miroslava, Malínský Jan, Poster prezentován na konferenci: EMBO Meeting 2009, Amsterdam, Aug 29 - Sept 1, 2009. Název: Functional compartmentation of the yeast plasma membrane. [Jiný výsledek]
Blažíková, Michaela, Heřman, Petr, Staněk, David, Malínský, Jan, Přednáška na studentské konferenci: Week of Doctoral Studies 2008, MFF UK, Praha, June 3-5, 2008. Název příspěvku: Diffusion modeling of snRNP dynamics. [Jiný výsledek]
Blažíková, Michaela, Malínský, Jan, Heřman, Petr, Poster prezentován na konferenci: Comsol Conference 2008, Hannover, Germany, Nov 4-6, 2008. Název: Modeling of snRNP Motion in the Nucleoplasm. [Jiný výsledek]
Novotný, Ivan, Blažíková, Michaela, Malínský, Jan, Staněk, David, Poster prezentován na konferenci: RNA club 2008, Praha, Nov 28, 2008. Název: The dynamics of snRNPS assembling in Cajal bodies. [Jiný výsledek]
Blažíková, Michaela, Heřman, Petr, Staněk, David, Malínský, Jan , Článek v odborné publikaci, ve zborníku studentské konference. WDS Proceedings of Contributed Papers: Part III - Physics (eds. J. Safrankova and J. Pavlu), Prague, Matfyzpress, 2008, 142-146, ISBN 978-80-7378-067-8. Název článku: Diffusion modeling of snRNP dynamics. Článek detailně zkoumá model volné difúze pro popis snRNP dynamiky. Numerická řešení difúzní rovnice byly použity na fitování experimentálních dat získaných z fluorescenční mikroskopie jedné buňky pro otestování vlivu geometrie, dimenze a okrajových podmínek. Byly definovány optimální vlastnosti modelu. [Jiný výsledek]
Blažíková, Michaela, Malínský, Jan, Heřman, Petr, Článek v odborné publikaci, ve zborníku z konference Comsol 2008. Comsol Conference 2008: User Presentations and Proceedings CD, ISBN is 978-0-9766792-8-8. Název článku: Modeling of snRNP Motion in the Nucleoplasm. Článek se zabývá dynamikou skládání a pohybu snRNP uvnitř buněčného jádra. In vivo snRNP dynamika byla testována pomocí modelu volné difúze, který byl použit na fitování experimentálních hodnot. Výsledky fitů analytických řešení difúzní rovnice ukazují, že model volné difúze není konzistentní s exprimentálnímí daty, byla proto navrhnuta korekce modelu. [Jiný výsledek]