Program je uskutečňován s těmito specializacemi:
Hydrobiologie
Terestrická ekologie
Specializaci si uchazeč volí při zápisu do 1. ročníku studia.
Počty uchazečů, kteří podali přihlášku ke studiu, zúčastnili se přijímacích zkoušek a byli přijati v předchozích letech jsou uvedeny v podrobných statistikách přijímacího řízení na adrese:
https://www.natur.cuni.cz/fakulta/uredni-deska/uchazec/statistika-prijimaciho-rizeni
Studijní program Ekologie klade důraz na základní biologické vzdělání v oboru, tj. na průpravu studentů v oblastech „nadorganismální biologie. Nemá ambice suplovat výuku v tematikách ochrany životního prostředí či hospodaření s přírodními zdroji, není primárně zaměřen na aplikovaná témata.