Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (31.05.2019)
The course "RNA Structure and Function" is planned for master and PhD students and extends basic molecular and cell biology courses. The course is intended mainly for students who want to extend their knowledge about regulation of gene expression and about the ever-growing world of RNA. Individual lectures are focused on transcripts of RNA polymerases I, II and II, their synthesis, processing and function. We will also discuss function of non-coding RNAs, riboswitches and ribozymes. The majority of discoveries about RNAs is documented by original scientific publications with a description of key experiments.
Last update: RNDr. Nataša Šebková, Ph.D. (27.03.2018)
Kurz "Struktura a funkce RNA" je určen pro studenty magisterského a doktorského studia a rozšiřuje základní kurzy molekulární a buněčné biologie. Kurz je určen hlavně pro studenty, kteří chtějí rozšířit znalosti o regulaci genové exprese a o stále rostoucím světě RNA. Jednotlivé přednášky jsou zaměřeny na zpracování mRNA, stejně jako syntézu, zpracování a funkci nekódujících RNA. Většina objevů o RNA je dokumentována původními vědeckými publikacemi s vysvětlením klíčových experimentů.
Literature -
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Genes IX, autor: Benjamin Lewin, (available on-line: http://biology.jbpub.com/book/genes/index.cfm)
Molecular Cell Biology. 5th edition. autor: Lodis, et al. New York: W. H. Freeman; 2003. ISBN-10 0-71674366-3
RNA World 3rd edition, CSHL Press, ISBN 978-087969739-6
Presentations, slides and notes can be also found at https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=326
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Genes IX, autor: Benjamin Lewin, (available on-line: http://biology.jbpub.com/book/genes/index.cfm)
Molecular Cell Biology. 5th edition. autor: Lodis, et al. New York: W. H. Freeman; 2003. ISBN-10 0-71674366-3
RNA World 3rd edition, CSHL Press, ISBN 978-087969739-6
Přednášky, prezentace a poznímky jsou dostupné na https://dl2.cuni.cz/course/view.php?id=326
Requirements to the exam -
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Requirements for the exam
The oral exam covers 3-4 topics presented during the course. At least three days before the exam, students must submit a short (1-2 page) essay or review on a topic in RNA biology of their choice. This may also be a summary of a recent paper focusing on RNA. Students may choose the language in which the essay will be written (English or Czech), and the same language will be used in the oral exam.
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Požadavky na zkoušku Při ústní zkoušce se probírají 3-4 témata prezentovaná v průběhu kurzu. Nejméně tři dny před zkouškou musí studenti odevzdat krátkou (1-2 strany) úvahu nebo recenzi na téma z biologie RNA dle vlastního výběru. Může to být také shrnutí nedávné práce se zaměřením na RNA. Studenti si mohou zvolit jazyk, v němž bude esej napsána (angličtina nebo čeština), a stejný jazyk bude použit i při ústní zkoušce.
Syllabus -
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Syllabus "Structure and function of RNA"
Introduction
RNA polymerase I transcripts
Synthesis and processing of ribosomal RNA, nuclear structure and function, structure and function of ribosomes
RNA polymerase II transcripts
- regulation of transcription by non-coding RNAs, links between transcription and processing
- long non-coding RNAs, their transcription, processing and function of specific lncRNAs (XIST, HOTAIR, AIR, MALAT1, etc.)
- short non-coding RNAs, snRNA and snoRNA biogenesis, scaRNA. telomerase structure and function
- pre-mRNA processing (processing at 5' and 3' ends, editing, polyA), mRNA localization and stability
- RNA splicing
- regulation of alternative splicing
- cellular structures involved in RNA metabolism
RNA polymerase III transcripts
Transcription, processing and function of tRNA, 7SK, SRP, U6, RNA P and MRP
Catalytic RNAs
ribozymes and ribosomes, spliceosome and ribosome as ribozymes
RNAi
Synthesis, processing and function of miRNA, piwiRNA, siRNA
Translated with www.DeepL.com/Translator (free version)
Last update: prof. Mgr. David Staněk, Ph.D. (05.04.2022)
Sylabus "Struktura a funkce RNA"
Úvod
Transkripty RNA polymerázy I
syntéza a zpracování ribozomální RNA, nukleární struktura a funkce, struktura a funkce ribozomů
Transkripty RNA polymerázy II
- regulace transkripce prostřednictvím sítě RNA, spojení mezi transkripcí a zpracováním
-dlouhé nekódující RNA, jejich přepis, zpracování a fungování a odkazem na konkrétní lncRNA (XIST, HOTAIR, Air, MALAT1 atd.)
- krátké nekódující RNA, snRNA a snoRNA biogeneze, scaRNA. struktura a funkce telomerázy
- zpracování pre-mRNA (úpravy na 5' a 3' koncích, editace, polyA), lokalizace a stabilita mRNA
- RNA sestřih
- regulace alternativního sestřihu
- buněčné struktury podílející se na metabolismu RNA
Transkripty RNA polymerázy III
transkripce, zpracování a funkce tRNA, 7SK, SRP, U6, RNA P a MRP
Katalytické RNA
ribozymy a ribosy, spliceosom a ribozom jako ribozymy
RNAi
syntéza, zpracování a funkce miRNA, piwiRNA, siRNA
Předmět je vyučován za podpory projektu Zvýšení kvality vzdělávání na UK a jeho relevance pro potřeby trhu práce, reg.č. CZ.02.2.69/0.0/0.0/16_015/0002362.
