Výpočty elektronové struktury biologicky relevantních komplexů přechodných kovů
| Thesis title in Czech: | Výpočty elektronové struktury biologicky relevantních komplexů přechodných kovů |
|---|---|
| Thesis title in English: | Electronic structure calculations of biologically relevant transition metal complexes |
| Key words: | Fe(II) porfyriny, kvantově chemické výpočty, DMRG, metody vázaných klastrů, adiabatické spojení |
| English key words: | Fe(II) porphyrins, quantum chemical calculations, DMRG, coupled cluster methods, adiabatic connection |
| Academic year of topic announcement: | 2018/2019 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Chemical Physics and Optics (32-KCHFO) |
| Supervisor: | RNDr. Mgr. Libor Veis, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 25.09.2019 |
| Date of assignment: | 27.09.2019 |
| Confirmed by Study dept. on: | 25.11.2019 |
| Date and time of defence: | 29.06.2020 09:00 |
| Date of electronic submission: | 27.05.2020 |
| Date of submission of printed version: | 27.05.2020 |
| Date of proceeded defence: | 29.06.2020 |
| Opponents: | doc. Mgr. Tomáš Mančal, Ph.D. |
| Guidelines |
| Předmětem diplomové práce jsou přesné kvantově-chemické výpočty nízko ležících elektronických stavů molekul strukturně příbuzných s Fe(II)-porfyrinem, které hrají velmi důležitou roli v řadě biologických procesů. Testovány budou zeména nově vyvinuté metody vázaných klastrů externě korigované pomocí DMRG vlnové funkce (DMRG-TCCSD) a jejich lokální lineárně škálující aproximace (DLPNO). Cílem je osvětlení charakteru nejníže ležících stavů Fe(II)-porfyrinu a pokud možno získání co nejjednoduššího a nejpřesnějšího výpočetního protokolu pro studium příbuzných biologicky relevantních komplexů přechodných kovů.
Student(ka) se při řešní práce seznámí s teoretickými aspekty zmíněných výpočetních metod, naučí se je v praxi používat a aplikuje je na problém elektronové struktury, v první řadě zjednodušeného modelu Fe(II) porfyrinu (či porfyrinu samotného), případně na další zajímavé biologicky relevantní komplexy přechodných kovů. V případě času a zájmu je možnost podílet se na dalším vývoji výpočetních metod. |
| References |
| [1] T. Helgaker, P. Jorgensen, and J. Olsen, Molecular Electronic-Structure Theory. Wiley, 2000.
[2] L. Veis, J. Brandejs, J. Pittner, Chem. Listy 112, 655-666 (2018). [3] L. Veis, A. Antalík, J. Brabec, F. Neese, Ö. Legeza, J. Pittner, J. Phys. Chem. Lett. 7, 4072 (2016). [4] D. Nachtigallova et al., Chem. Eur. J. 24, 13413 (2018). [5] G. Li Manni and A. Alavi, J. Phys. Chem. A 122, 4935 (2018). |