Interakce antimikrobiálních peptidů a jejich analogů s modely buněčných membrán
Thesis title in Czech: | Interakce antimikrobiálních peptidů a jejich analogů s modely buněčných membrán |
---|---|
Thesis title in English: | Interaction of antimicrobial peptides and their analogs with models of cell membranes |
Key words: | antimikrobiální peptid, vibrační spektroskopie, optická aktivita, membrána |
English key words: | antimicrobial peptide, vibrational spectroscopy, optical activity, membrane |
Academic year of topic announcement: | 2011/2012 |
Thesis type: | diploma thesis |
Thesis language: | čeština |
Department: | Institute of Physics of Charles University (32-FUUK) |
Supervisor: | RNDr. Eva Kočišová, Ph.D. |
Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
Date of registration: | 09.11.2011 |
Date of assignment: | 10.11.2011 |
Confirmed by Study dept. on: | 15.12.2011 |
Advisors: | prof. RNDr. Marek Procházka, Ph.D. |
RNDr. Mgr. Lucie Bednárová, CSc. | |
RNDr. Markéta Pazderková, Ph.D. |
Guidelines |
1. Seznámit se s principy vibrační spektroskopie (infračervená a Ramanova spektroskopie), vibrační optické aktivity (vibrační cirkulární dichroismus, Ramanova optická aktivita) a s elektronovým cirkulárním dichroismem (ECD).
2. Vypracovat rešerši na téma studium antimikrobiálních peptidů (AMP) a jejich interakcí s membránami pomocí jmenovaných metod optické spektroskopie, se zvláštním zaměřením na vibrační spektroskopii, a sestavit základní souhrn znalostí ohledně užití spektroskopie při studiu buněčných membrán a jejich interakcí s proteiny. 3. Nalézt podmínky vhodné pro měření a následně změřit spektra systémů peptid - modelová membrána pomocí infračervené a Ramanovy spektroskopie a ECD. 4. Provést analýzu dat. Zaměřit se na interpretaci spektrálních změn souvisejících se strukturní změnou peptidu a jeho interakcí s modelovou membránou. |
References |
A. Barth, Ch. Zscherp: What vibrations tell us about proteins. Quarterly Reviews on Biophysics 35 (2002) 369-430.
L. K. Tamm, S. A. Tatulian: Infrared spectroscopy of proteins and peptides in lipid bilayers. Quarterly Reviews on Biophysics 30 (1997) 365-429. M. Zasloff: Antimicrobial peptides of multicellular organisms. Nature 415 (2002) 389-395. G. D. Fasman (Ed.): Circular dichroism and the confomational analysis of biomolecules. Plenum Press, New York - London 1996. |
Preliminary scope of work |
Vzhledem ke stále rostoucí rezistenci bakterií vůči antibiotikům vzniká bezprostřední nutnost vývoje nové třídy nerezistentních léčiv. Vhodným kandidátem mohou být antimikrobiální peptidy (AMP), jedna z forem chemické obrany organismů proti bakteriím, houbám atp. Jde o strukturně heterogenní krátké peptidy obsahující od 5 do ca. 40 aminokyselin, které v kontaktu s buněčnou membránou mění svou strukturu (např. z náhodného klubka na alfa-helix) a specifickou interakcí postupně tuto membránu rozrušují. Detaily mechanizmu jejich účinku nejsou zcela známy a jsou předmětem řady studií.
Náplní diplomové práce by měla být spektroskopická studie vybraných AMP v interakci s různými typy modelových membrán za různých fyzikálně-chemických podmínek pomocí vibrační spektroskopie (infračervená a Ramanova spektroskopie), vibrační optické aktivity (vibrační cirkulární dichroismus, Ramanova optická aktivita) a elektronového cirkulárního dichroismu. Měření budou probíhat ve spolupráci s Ústavem organické chemie a biochemie AV ČR. |